他们认为，代表人民的标志就要当国家主席。我在十几年以前就不当了嘛，岂不是十几年以来都不代表人民了吗?
毛泽东当然已看出庐山会议这场风波同林彪有密切关系。但林彪是“文化大革命”以来的“副统帅”，又是九大党章刚规定的“接班人”，对林的问题必须采取慎重的态度，而且这场风波的幕后情况还有待进一步弄清，因此，他把批评集中地指向陈伯达一人，而对林彪仍不去触动，而采取保护的态度。在《我的一点意见》的手稿上，最初在讲到陈伯达搞的“天才语录”时曾有一句：“陈伯达摘引林彪同志的话多至七条(应为九条。——引者注)，如获至宝。”但文件印发全会前，他又删去了这句话，并把修改件给林彪看。
九月一日，毛泽东在有各组召集人参加的中央政治局扩大会议会议上指出：凡是在这次庐山会议上发言犯了错误的人，可以作自我批评、检查。会上，他点了陈伯达的名，要他作检查，还要林彪召集吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作等人开会，听取他们的检查。
毛泽东提出由林彪出面，对有关当事人进行批评，实际上也是给林彪等找个下台阶的机会。全会闭幕当天(九月六日)上午十一时，周恩来约集各组正、副组长，传达了毛泽东指示的主要精神：“加强团结，共同对敌，拥军爱民，读几本书，各作自我批评，严守党纪军纪。”在这里提出“拥军爱民”，自然有要正确处理军队干部和地方干部关系的意思在内。但直到庐山会议结束，林彪以及吴法宪等并没有打算真正认识和揭露问题，更没有作出像样的检讨。他们只是在应付毛泽东。据吴法宪后来说：“我们在叶群家开了会。叶群定了原则，要检讨，主要是我(指吴法宪。——引者注)，但是第一不涉及林彪，第二不涉及黄永胜，一定要把林、黄保下来。”情况显然不可能在短时间内完全弄清。在这种情况下，毛泽东决定先结束全会。
九月六日下午，九届二中全会举行闭幕式。毛泽东要林彪主持闭幕会议。这时，主席台上已没有陈伯达。全会基本通过《中华人民共和国宪法修改草案》、批准国务院关于全国计划会议和一九七0年国民经济计划的报告、中央军委关于加强战备工作的报告，并宣布对陈伯达进行审查。
闭幕会上，周恩来、康生发言后，毛泽东分别就党的路线教育、高级干部学习和党内外团结问题发表讲话。他说：
“现在不读马、列的书了，不读好了，人家就搬出什么‘第三版’(指陈伯达编辑的《恩格斯、列宁、毛主席关于称天才的几段语录》中所收恩格斯为马克思《路易·波拿巴特政变记》德文第三版作的序言。——引者注)呀，就照着吹呀。那末，你读过没有?没有读过，就上这些黑秀才的当。有些是红秀才哟。我劝同志们，有阅读能力的，读十几本。基本开始嘛，不妨碍工作。……你不读点，你就不晓得。这次就是因为上当，得到教训嘛，人家是哪一个版本，第几版都说了，一问呢?自己没有看过。”
