对于他这场突如其来的变故和遭受的苦难，所有的人都不明白具体的原因，只有许建国一个人心里清楚，但由于他长期从事情报保卫和公安工作，其职业特点使他把遵 守党的纪律，保守党的秘密作为至高无尚的行为准则，所以任何人问他历史上所发生过的事，包括他的妻子方林和几个子女，他都不说，而只是默默地忍受着内心的 委屈和痛苦。1954年11月，许建国被任命为公安部的副部长，要离开上海赴京上任去了。因为匿名信所反映的问题还没有查清楚，许建国便请示罗瑞卿部长。 在电话里罗部长叹了一口气说：“没有查清楚那就算了吧，以后这件事永远不要对别人提起。”言语中似乎有不得已的苦衷。许建国也不敢再多问。他当时就有一种 强烈的感觉，这件事会对他今后的生活产生重大的影响。
许建国预料得一点也不错，随着文化大革命运动的不断扩展和激烈升级，江青在文革中的领导地位日益显现。许建国预感到形势将会更加严峻，那时，外交部造反派已 经三番五次地来抄家，并公然索要材料，但因为许建国将绝密材料藏得很隐蔽，所以造反派并没得到他们想要的东西，为了防止意外，确保涉及党的秘密和一些同志 的安全，他终于在一天深夜，忍痛将以往的机密笔记本销毁掉，而他原本是想留下那些笔记本在退休之后写些回记录，把工作经验总结一下，把经历的事情写出来 的，但为了避免一场灾难，只好毁掉了这批资料。
就在许建国烧掉了那些机密日记本之后的第三天，他就被隔离审查了，后“许建国专案组”勒令他老实交待罪行。文化大革命使得中国政坛烟云迷乱，一旦卷入上层斗争的漩涡，许多普通人的人性就迷失了，只能按照权势者所企望的历史去论证、去完善一系列与之相吻合的伪事件。参与审查许建国反党案件的人A便是如此，此人 原是许建国的老部下，应是最为了解许建国的忠诚的，而当他成为外交部造反派的头头之后，面对着昔日极其了解的老领导，他却昧着良心，把许建国当作不共戴天 的仇人，凶狠地把许建国往死里整。至此，许建国在家人不知情的情况下被秘密关进了秦城监狱!直到林彪阴谋败露之后才和家人联系上，
1975年夏，在邓小平同志积极努力下，毛主席终于同意对那些关在监狱、身体受到极大摧残的老同志实行安置外地养起来的方法，这样，许建国又和其他的70多位老同志一起离开了完全没有自由的北京复兴医院，被安置到安徽省六安地区医院。这让江青更是对邓小平同志恨之入骨，却又无可奈何。但就在这时，许建国被诊断得了 肺癌晚期，他的生命只剩下三个月了!面对江青等人制造的冤案，至今得不到平反，作为癌症病人，许建国更感到时间紧迫。于是，他拿起了笔，再次向党中央提出 了申诉。
1977年9月，许建国病情恶化，多次处于昏迷状态，他挂念着回音，嘴里时时喃喃道：“回音，回音。”10月，许建国的病情进一步恶化，医生已给家人开了“病危通 知书”，他的生命时刻都可能终结，但他却拼命地睁着双眼。10月4日，省委组织部突然来人，他们带来了中央的审查结论!许建国竟然兴奋得坐了起来，而按常 理，像他这样垂危的病人，是根本不可能坐起来的!来人面无表情地宣读审查结论，经中央三办对许建国的历史作出审查之后，得出结论，许建国参与“黑调查”问 题属实，“叛徒”问题属实，中央决定将许建国定为叛徒，清除出党!
这 个结论犹如晴天上空突然响起了一个霹雷，将许建国及其家人的希望轰得粉碎，方林和孩子全部悲愤地叫起来，“这不是事实，不是事实!”“历史将宣判我无罪!”许建国蓦地发出一声悲愤的叫声，倒了下去。这位中国共产党公安与情报工作的卓越创始人和领导人就这样带着一身的遗憾和悲愤离开了人世。
