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蒋介石败退台湾后，为了继续维持蒋家小朝廷的反动统治，除了拿出主要精力对付人民解放军的进攻之外，同时在岛内全力坚决打压“台独”活动。他把“台独”分子的活动统称之为“叛乱”活动，“台独”分子的小组织被列为“叛乱”组织。1949年5月19日，奉蒋介石之令出任台湾省主席的陈诚宣布：自5月20日起在全台湾实施“戒严”。此后台湾国民党当局颁布了一系列法令和法规。其中在严惩“内乱”罪条款中规定：“意图破坏团体、窃据国土，或以非法之方法变更国宪、颠覆政府，而着手实行者，处7年以上有期徒刑。首谋者处无期徒刑。”在1949年6月21日颁布的《惩治叛乱条例》中规定：预备或阴谋犯叛乱罪者处10年有期徒刑。也就是说，即使没有付诸行动，也可以以“预备犯”或“阴谋犯”的罪名予以打击。
国民党退台之初，蒋介石政权对“台独”分子的活动均援引上述条款，以“叛乱罪”或“涉嫌台独”等罪名予以严厉打击，毫不手软。林熊祥、许丙之流追随日本侵略分子从事“台独”活动被破获并被判刑。此后，岛内“台独”分子的活动主要表现为借“台独”来反抗国民党的白色恐怖统治。国民党当局毫不手软，至20世纪60年代末，在岛内破获多起“台独”案件，被捕者多达数千人，其主要“台独”案件有：
其一，“台湾再解放联盟台湾支部案”。台湾“农复会”英语翻译黄纪南接受廖文毅的“台独”理念，于1949年3月与廖文毅侄子廖史豪秘密成立了“台湾再解放联盟台湾支部”。因其“台独”活动被警方注意，翌年5月下旬该支部7名成员先后被捕，均因“参加叛乱组织或集会”被军法处起诉并判刑。
其二，高雄“台湾共和党”案。高雄黄阳辉受廖文毅指令，于1958—1959年秘密组建“台湾共和党”。该党计划短期内在台湾制造小规模骚乱，为兵变做准备，10年内发动兵变，夺取政权。至1959年底，黄阳辉等三十多人被捕，并被处以重刑。
其三，廖启川事件。1961年9月17日，廖启川、孙秋源因涉嫌反国民党和主张“台独”，分别在台北家中被台湾“警备总部”逮捕。
其四，苏东启事件。1961年9月19日，云林县“议员”苏东启夫妇以“涉嫌叛乱”罪被逮捕。苏东启为云林县“议员”，曾参加云林“县长”选举。落选后，与省“议员”李万居一起参加“中国民主党”筹组工作。因当时云林县人詹益仁，林东铿密议组织反对国民党的组织，图谋“台湾独立”，故拉有声望的苏东启加入，并担任领导，以扩大影响力。1961年1月，张茂钟在云林县詹益仁处商议成立武装行动队，草拟了行动计划。3月9日，武装行动队欲乘国民党第1047部队换防之机，袭击兵营，夺取武器。但因消息泄露，台湾“警务司令部”以“涉嫌叛乱”罪，于19日凌晨逮捕了苏东启夫妇，并沿线追踪，陆续逮捕三百余人。1962年5月17日，台湾“警务司令部”以“阴谋叛乱、推翻政府罪”，将苏东启、张茂钟等人判处死刑。
其五，“台湾独立联盟”事件。1962年7月，施明德等三十余名青年学生被台湾“警务司令部”以“叛乱”罪逮捕。
施明德，1941年出生在台湾高雄。1962年他是国民党炮兵学校候补军官班13期学生，他与其他学生互相串联，探讨台湾前途，主张走“台湾独立”道路，并成立“台湾独立联盟”。其宗旨是“推翻国民党，建立台湾民主共和国”。约定在台中、高雄等地发展力量。事情败露后，均被国民党逮捕入狱。
