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1942年，蒋介石发现戴笠势力大为膨胀，这是他参加军统局成立10周年纪念大会时感觉到的。
戴笠本意是通过大会展示军统实力，蒋介石虽然很满意，但是蒋介石同时也感觉到，戴笠的军统组织发展得太快，势力也越来越大。
军统远远超过中统，军统的力量已由原来的纯粹特工组织渗透进军事、党务、政治、行政、经济文化、教育、警察、交通、财政、税务、外交、邮检、水路航运等各个要害部门，在国际上也很有影响。军统不仅有自己的武装部队、交通警察部队，还能调动税警、缉私部队，由军统掌握的武装有几十万人，而且大都是美械装备。军统组织严密，号令迅捷严明，其调动灵活迅速，火力装备之强，已超过他手下的任何一支正规军队。戴笠在国民党中上下左右关系无所不至，还要问鼎海军，连蒋介石的警卫部队也由戴笠控制。这已引起了蒋介石的戒备和警惕。
蒋介石是一个猜忌心极重的人，他用人的历来作风是，防止部下和他的系统形成尾大不掉之势。他一生最重视特工和军事，也最怕这些部门的人权重震主。
对特务工作，蒋介石一生中控制最严。其次是军事和财政，但后者他还能轮流交给别人掌管。但对于特工，他从来不交给别人，从不让给别人过问，只能自己去掌握。由此可见他对特工的控制。
蒋介石对特工重视，视为生命，所以也想出不少办法控制，以免出问题。
一是灌输忠诚思想。他后来极力学习德、意特工组织的经验，加强法西斯教育，使特务们对他产生崇拜心理，极尽忠诚。1933年，蒋介石派复兴社军统头目都梯、唐纵任驻德大使馆武官、副武官，一再交待要学习希特勒的组织方法。言外之意，就是让特务们学习仿效德国特务如何效忠希特勒，用法西斯精神驾驭特务。但德国特务组织头目如希姆莱等位高权大，蒋介石又想出办法，那就是对特工头目可以给权，但决不给高位，这就可以防止他们在政治上崛起，威胁自己。
而且，特工的一切重要事情、任命都要由蒋介石亲自决定，以防止擅权坐大。以戴笠而论，干了10年军统头目，论职不过副局长，论街不过少将，而且始终是内部任命，直到1945年3月8日才由国民政府正式公布，可见蒋介石的工于心计。
戴笠一开始就被蒋介石牢牢控制住。十余年来，蒋介石也明白，他与戴笠的合作还是很默契的，作为戴笠靠蒋发家，报蒋知遇之恩，是绝对拥蒋、忠实于蒋的。蒋介石也很欣赏他的政治头脑、才干和善于揣摩自己心理的长处。所以，戴笠住院期间，蒋介石委派来美龄去看望，表明蒋介石对戴的器重和关心。在戴笠看来，这是“旷世恩典”，在国民党内部是没有几个人能享受到的待遇。
另外，戴笠也明白，以他自己的资历、水平、能力绝对斗不过蒋介石，一是没有这样的胜望，二也跳不出蒋的手心。戴笠曾经看过多少与蒋介石抗衡的英雄豪杰们，还不是一个个败在蒋的手下?既便军阀们集体联合起来，也还是被蒋-一击破。所以，戴笠早就看透了，他惟一的出路只能必须得到蒋的信任，否则没有任何出路。戴笠多年来对蒋介石的思想、行动、心理、好恶、性格等无不研究透彻，揣摩迎合，所以一直得到蒋的欣赏;也在所有的特务组织中，最得蒋介石的信任。
戴对蒋的忠诚也是无可挑剔的，“西安事变”后冒死进入西安就是一个证明，这连蒋介石也不否认。
戴笠确实有野心，他自认为有“治国平天下”的本事。他曾与胡宗南计划，将来接蒋介石的班。但在蒋介石活着的时候，他并不敢推翻老蒋。他还要依靠蒋去发展势力。
但蒋介石并不是等闲之辈。他决不肯让一只猛虎睡于卧榻之侧。
当蒋介石逐渐怀疑戴笠有功高权重震主之威时，便逐渐有意识的采取措施加以抑制。他首先任命唐纵为军统局帮办，加以牵制。同时还借口抗战胜利，撤去戴笠的兼职，如缉私署长等职，防止他继续渗透。在军统与中统其它派系的斗争中也稍稍抑制一下军统，如枪毙活埋中统人员的戴笠亲信赵理君等。
戴笠从蒋介石对他的态度中，渐渐感觉到蒋介石对他有所戒备的猜忌，不由得产生“飞鸟尽、良弓藏;狡兔死，走狗烹”的感慨。从此时起，戴笠便开始“读史”，以求醒悟。每有余暇便让秘书、他的小学同学周念行为他阅读讲解仁十四史》、《资治通鉴》等历史典籍。周念行曾毕业于日本明治大学政治系，对中国史学有一定了解，周念行在讲史过程，每讲到历代暴君杀戮功臣，便会引起戴笠的叹息。尤其讲到武则天时代有名的酷吏。特务首脑周兴、来俊臣为武则天忠诚效力、杀戮异己，终因知道武氏太多的隐私而被武氏所杀的这一段历史时，戴笠更有毛骨惊然之感。以古鉴今，他更加惶恐和惧怕。他感叹到：“我将来不死在共产党手里，也早晚会死在委员长手里”。可见戴笠已明白看出蒋介石对他的猜忌。
当然， 蒋介石现在还并不想除掉戴笠，他只是有所猜忌和戒备，只是先从抑制下手。戴笠也看透了蒋的心理，也开始防患于未然。对蒋介石更加忠心耿耿，极力与宋美龄、宋子文进一步密切关系;与胡宗南、顾祝同等实力派将领盟誓以为后盾，同时挟洋人以自重，向海军发展，免得被蒋介石借口只是个特务而被铲除。
拉拢蒋介石周围各色人等包括唐纵的关系，使他们为自己说好话，继续巩固军统局内部，培养毛人凤，以为退路。戴笠也开始整肃内部，不给蒋介石以任何口实。
蒋介石因在抗战时期，有用戴笠之处，故一直没有大动作。
作为蒋介石来说，他是靠特务起家的，何曾想到要“取消”?他决不会放弃特务统治这一宝贝。从内心来说，签订纪要只是虚伪应付，他还是从骨子里要打内战，消灭共产党。和谈只不过是缓兵之计。但是，他要做表面文章，不得不应付共产党和其它民主党派，同时他觉得正好赶上时机有了借口，就是可以抑制一下戴笠和他的军统，使其不能再继续膨胀发展。
蒋介石随即向戴笠秘密发出指示，要求他撤销军统局，化整为零，以减少中共及民主党派攻击的口实。
蒋介石的这个指示很高明：
一、撤销军统，使他有履行“双十协定”的信誉，应付了舆论。
二、抑制了戴笠，使军统再也不能构成对自己的潜在威协。
三、化整为零，并不是取消，等于加强，将来可以东山再起。
四、打着履行“双十协定”的旗号，戴笠无话可说。
五、将戴笠捏在手里，将来撤销军统局对戴笠用与不用，都在自己的手心之中。
蒋介石的这一步棋确实非常高明。
但戴笠看到蒋介石的命令，心情却极为恐慌。戴笠心里很清楚，他不可能抗拒蒋介石的命令，蒋介石终于要开始动手了。
戴笠也明白，如果真的化整为零，他就再也没有什么本钱了。戴笠考虑，先将军令部二厅、内政部警政司掌握起来，将军统控制的军事情报、稽查和国民党军队各级谍报参谋人员划归进二厅，将特工警察划归进警政司。另外加快成立交警总局，将军统掌握的忠义救国军、军统特务团、军委会别动军、交警总队。交通警备司令部所属各团及税警部队，加上接受投降的汪伪税警团和汉奸部队共7个多师，全部编成18个交警总队(相当于陆军加强团)和4个教导总队，全部美式装备，机械化程度也很高。戴笠极重视这些军统掌握的武装部队，认为是最重要的本钱。1946年3月1日，交警总局正式成立。另外，戴笠计划将军统局本部及外勤机关划拨到司法行政部之下成立调查室。
但是，尽管化整为零保住了大部分实力，但军统局一旦撤消，尽被分割，自己将无处可去。关健还是要夺得海军司令的职位，这只能依靠美国人。
蒋介石明白戴笠与美国人的关系的能量，所以还觉得戴笠尚有作用。于是戴笠以视察为名飞赴青岛， 与美海军第七舰队司令柯克上将加紧联系，并达成他为戴笠活动的许诺。随后，戴又飞赴天津，受柯克要求，策划美海军陆战队于渤海湾登陆事宜。戴笠立即与美驻津司令、海军陆战第三师师长拉上关系，并设立机构居间联系。
这使得蒋介石有些犹豫，因为蒋极重视美国在华军事部队。蒋要打内战，一再请求美国部队登陆替国民党军抢占战略要道与铁路交通线。至1946年，美军在天津登陆就近五万人。蒋介石明白戴笠与美国人的关系的能量，所以还觉得戴笠尚有作用。
戴笠也抓紧时间，加紧在国防部二厅、全国警察总署、交通警察总局等公开部门合法安置军统特务。仅军统举办的全国各特警班毕业生就达15万人，这都让戴笠绞尽脑汁。所以，戴笠一直在南京、上海、北平、天津、青岛等地来回奔走，研讨对策。
戴笠还认为，只有寄希望于反共，军统才有出路。他也认为军统的牌子由于反共太臭名昭著，但决不会真正取消特务组织，只不过是否由他来继续执掌。
1946年1月10日至31日，在重庆召开中国政治协商会议(简称旧政协)时，各党派再次提出取消特务机关的口号。
正在筹备的国民参政会四届二次会议，受国共和谈、政治协商会议影响，也准备提出取消特务机关、切实保障人民权利的议案。
戴笠的对立面和政敌陈果夫、陈立夫、陈诚、李士珍等党。政、军、警大员，也趁机兴风作浪，妄图挤垮军统，致戴笠于死地。
