1998 – 2001 外交部部长助理兼政策研究室主任(其间：1998.04南开大学在职研究生班世界经济专业经济学硕士毕业，1999.09外交学院国际关系专业博士学位毕业)
2001 – 2004 外交部副部长、党委委员
2004 – 2007 驻日本国特命全权大使
2007 – 2008 外交部常务副部长，党委书记
2008 – 2013 中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室主任，中央外事工作领导小组成员(兼)
2013 – 外交部部长、党委副书记，中央外事工作领导小组成员(兼)
2013年09月20日，中国外长王毅在美国首都华盛顿表示，中方希望美方切实理解和尊重中国反对分裂，致力于和平统一的努力，把台湾问题从中美关系的负资产变成正资产。
王毅20日在美国知名智库布鲁金斯学会发表演讲时做上述表示。就任外长前，王毅曾于2008年至2013年担任中共中央台湾工作办公室、国务院台湾事务办公室主任。
王毅在当天的演讲中专门提及台湾问题。他强调，台湾问题事关中国的主权和领土完整，事关13亿中国人的民族感情。当前，两岸关系保持和平发展势头，要和平不要战争、要合作不要对抗、要交往不要隔绝已是两岸同胞的人心所向。
“两岸在相互往来合作中逐渐彼此融合，直至实现最终统一将是谁也无法阻挡的历史潮流。”王毅说。
王毅表示，多年来，台湾问题始终是中美关系中损害互信、干扰合作的一项负资产。如果美方能够顺应两岸关系和平发展的大势，切实理解和尊重中国反对分裂，致力于和平统一的努力，那么台湾问题就会从中美关系的负资产变成正资产，从消极因素变成积极因素，就能为中美关系长期稳定发展提供保障，为中美开展全方位合作开辟前景。
