近期，邱毅接受香港中评社采访时，将蔡英文的南海政策与马英九的南海政策进行对比。他表示，马英九对南海态度是明确的、积极的、坚定的，相对蔡英文是消极的、模糊的、低调的。就细节而言，马英九对南海是坚守国民政府时期的“十一段段线”，就是大陆现在的“九段线”，可是蔡英文从来不谈“十一段段线”或“九段线”的问题，只谈国际法，只谈这个争端必需通过多边体制来解决。
邱毅警告，一旦仲裁结果不利于中国大陆，就是蔡英文放弃“南海主权”且以租借的方式让美军进占太平岛最佳的时机。
对于邱毅的说法，《旺报》援引大陆涉台人士指出，北京非常重视蔡英文政府对仲裁案结果的表态，届时蔡英文政府若放弃“南海主权”，甚至将太平岛租借美军使用，北京不排除以国家领土完整为由，派遣解放军前去接收。
该人士还指出，尽管蔡英文在“520”就职演说中提及主张南海问题应“搁置争议、共同开发”，但自蔡英文上台后，两岸官方交流已全数中断，尤其在双方缺乏联系的情况下，北京对蔡英文的南海问题主张一直不敢掉以轻心，对蔡英文届时的表态也予以高度关注。
针对“十一段线”问题，该人士表示，蔡英文上台迄今仍未提及“十一段线”，过去许多民进党人士也公开提出执政后要放弃南海诸岛;但北京最在意的是，一旦仲裁案结果否定“十一段线”，蔡英文是否可能将太平岛租借给美军使用，以便美国干涉南海及两岸事务。
此时削弱太平岛守备，几个意思?
如果说对于蔡英文未来是否提及“九段线”尚属猜测，不能视作台湾当局的真正作为，那么下述行为则无疑板上钉钉了：正值大陆为宣示南海主权举行大规模军演之际，蔡英文政府却以“防台风”为由，撤回海巡舰艇，主动削弱太平岛守备。
据台湾《联合报》报道，退役陆军中将吴斯怀昨天(9日)通过社交媒体脸书质疑，政府此时主动撤回驻守太平岛的两艘巡防舰，削弱南疆守备，究竟意欲何为?
吴斯怀指出，冲之鸟礁事件中，马英九政府立刻派舰护渔，新政府一上台撤回护渔舰，公开声明冲之鸟是“岛”是“礁”尊重国际法庭认定，“总统府”没有特定立场，媚日到这种程度，置渔民生计于不顾，视“国家主权”为无物，请问“国格”何在?
他呼吁，蔡英文政府尊重“宪法”，依据“宪法”拿出具体行动捍卫“中华民国主权”与“国格”，争取东海、南海话语权，过度亲美媚日，不会得到实质利益，只会变成别人的棋子，被利用来制衡中国大陆，两岸关系稳定发展才是王道。
对于台湾当局在南海的作为，中国外交部发言人洪磊早就表示，海峡两岸中国人应一起维护中华民族共同权益。
