不久，叶企孙就听到了陈寅恪在广州去世的消息，还有饶毓泰、翦伯赞、沈廼璋等人因不堪批斗羞辱而自杀的传闻。在一连串噩耗的最后，是他寄望最大的学生赵九章自杀的消息。
1972年5月31日，北京大学党委对叶企孙做出了“敌我矛盾按人民内部矛盾处理”的结论，撤销其专案审查，不再限制人身自由，准其搬回北大公寓，恢复其原工资。
长达四年的囚徒生活虽然结束，但是，当他的海外友人任之恭、赵元任，学生林家翘、戴振铎、杨振宁归国后向北大提出要看望叶企孙时，均遭拒绝。
1974年夏季，曾与叶企孙在清华和哈佛先后同学的郭殿邦听说他的弟弟郭会邦要到北京出差，从美国来函一再叮嘱郭会邦一定代他找到叶企孙，以致深切思念之情。
郭会邦在北大校园多方打听，竟没有人知道谁是叶企孙，这让郭会邦深感吃惊。郭会邦心中隐隐感到了不祥。这时，他看到一个年轻人，忙上前打问，没想到那个年轻人竟惊愕地查问他与叶企孙的关系，还以警惕的眼神看着他：“你不知道他是国家的罪人?”说完便摆手而去。郭会邦站在原地，似乎经历着“游园惊梦”。所幸又遇见了一位老人，得到老人指点，来到叶先生的住处。
眼前的情景使郭会邦十分惊愕。空荡荡的屋子里，叶企孙独卧床上，面容憔悴，衣衫陈旧。看到有人进来，叶企孙吃力地把头扭转过来，迷茫地看着郭会邦。当听到郭会邦说出他大哥是郭殿邦的时候，叶企孙苍老僵硬的脸上出现了微微的笑意。郭会邦坐在那里，看到这位当年叱咤风云的清华人物此时竟是这般境遇，很是心酸。叶企孙看着郭会邦，吃力地想从床上下来，由于他的脚肿得已经穿不上单鞋，竟穿了一双老棉鞋!他艰难地移步，摇摇摆摆地走到郭会邦跟前。由于双脚不能支撑，叶企孙重重地坐在了郭会邦旁边的椅子上。
叶企孙对郭会邦的来访非常高兴，他让工友给郭会邦上茶，并忆起了当年他和郭殿邦的一些趣事……郭会邦没想到一个76岁的老人，在遭受摧残之后还能如此乐观健谈，对多年以前的老友还会如此地关心。
当郭会邦问及叶老所受的遭遇的时候，叶企孙只是一笑而过，没有过多地说明。
叶企孙明白，即使自己被这个时代抛到九霄云外，在他的学生心目中，一切已有定论。他对学生的影响已经渗入他们的血脉，他们不会因某些政治原因改变对老师的判断。
但是，赵九章之死还是给了他致命的一击，从此他的健康每况愈下。他前列腺肥大，小便失禁，两腿肿胀如小桶……
1976年春节，清华同仁挚友陈岱孙、吴有训、钱临照、王竹溪、钱伟长登门造访，给了叶企孙生前最温暖的一天。
但叶企孙仍拒绝治疗。
1977年初，叶企孙病情迅速恶化。1977年1月10日，叶企孙陷入昏迷，呼吸困难，被送医院抢救。期间偶尔醒来，便口中喃喃：回清华……
1977年1月13日，叶企孙在医院因抢救无效，平静辞世，终年79岁。
按有关方面要求，叶企孙逝世的消息，所有报刊均不予刊登。即使是今天，若查阅叶企孙的生平，也只寥寥几字而已：“叶企孙(1898年7月16日至1977年1月13日)，男，汉族，物理学家，教育家，上海人。”
即使是这样几个字的评价，也已是社会进步的结果。
1977年1月19日，八宝山公墓举行了叶企孙先生追悼会，由于历史的原因，在那个小规模的追悼会上，悼词只字未提叶企孙在我国科学事业和高科技人才培养方面的巨大贡献，更未洗刷叶企孙先生生前所蒙受的屈辱，作为叶企孙挚友的吴有训先生愤而退场，以示抗议。
前人不可追，后人不堪说。叶企孙——一位真正的知识分子，也是中国最后一位大师，一位我们知道得最晚、被时代抛弃得最远的大师。
