长期以来，学校紧紧围绕国家和军队现代化建设，秉承“以质量取胜、以特色取胜”的校训，人才培养质量和综合办学水平显著提升，先后培养7万多名专业技术人才，成长出13位院士、47位将军和127位三级以上专家教授。学校现有教授副教授850余名，中国科学院和中国工程院院士3名，国家杰出青年科学基金奖获得者、“长江学者”特聘教授等高层次人才100余名。有博士后流动站和博士学位授权学科点71个，国家重点学科、国家重点实验室和国家工程技术研究中心25个。建成了世界最大的生物激波实验室、亚洲最大的低压氧舱群、我国最大的轨道式生物碰撞实验室、军队第一个国家重点实验室、全军唯一的武器杀伤生物效应评估中心、全军唯一的机动卫勤力量训练基地和全军唯一的卫生列车训练基地，先后获得了以6项国家科技进步一等奖为标志的1700多项科技成果，在全国百篇优秀博士学位论文、国家自然科学基金、国家三大科技奖励和学术论文等反映综合办学水平的主要指标居全国高校前20位，已发展成为我国的战创伤医学中心，是我军军事医学盾牌的主要力量和国家医学科技创新体系的重要基地。学校先后参加了抗日战争、解放战争、抗美援朝战争、中印和中越自卫反击战等卫勤保障任务，多次遂行抗击非典、汶川特大地震和玉树抗震救灾等非战争军事行动中。两次被中共中央、国务院和中央军委授予“全国抗震救灾英雄集体”称号。江泽民为学校亲笔题词“为培养跨世纪的军事医学人才而努力奋斗”，军委郭伯雄副主席称赞学校“人才济济、成果累累，一想到军事医学成果，就想到第三军医大学”。
面对新的形势和任务，学校将继续发扬光荣的历史传统，传承“求实、创新、勤奋、献身”的优良校风，按照“实施一流发展战略、建设世界医学名校”的总体办学思路，担当起“发展国防卫生事业、建设创新型国家”双重使命，完成好“培养卓越联勤军医、提升自主创新能力、遂行多样化卫勤保障”三大任务，加速推进人才培养模式、科技创新方式和卫勤保障力生成模式四个转变，努力把学校建设成为“具有鲜明军队特色世界一流研究型军医大学”。