1968年3月22日，林彪、江青一伙出于篡党篡军的需要，设下圈套、捏造罪名、突然袭击，制造了所谓的“杨余傅事件”。杨成武、余立金、傅崇碧三人当时分别担任解放军代总参谋长、空军政委和北京卫戍区司令员的职务。3月22日夜，傅崇碧为当面汇报清理鲁迅书信手稿去处，与“中央文革办事组”事先联系好，然后带三人分乘两辆车赴“中央文革”所在地，经允许后驱车进入，旋即落入了江青一伙预谋的政治圈套。
3月23日凌晨到25日，林彪、江青等人接连召开全军部分师以上干部和北京卫戍区、北京军区干部战士大会时，一口咬定傅崇碧带人“武装冲击中央文革”，“后面车最低限度有一挺机枪”，其后甚至捏造说傅崇碧的秘书用装有手枪的皮包打了江青的腰部;并进而诬陷杨成武、余立金、傅崇碧“为二月逆流翻案”，“是‘五·一六’的黑后台”;杨成武搞“山头主义，宗派主义”，“同余立金勾结要夺空军的领导权”，“同傅崇碧勾结要夺北京市的权”，“杨成武三次下命令给傅崇碧冲进钓鱼台到中央文革去抓人”等。
3月24日晚，在北京人民大会堂召开的万人大会上，林彪宣布了中央决定撤销杨成武的代总长职务、撤销余立金空军政治委员的职务、撤销傅崇碧北京卫戍区司令职务的决定。任命黄永胜为总参谋长，温玉成为副总参谋长兼北京卫戍区司令员。
其实在两天前，傅崇碧已被送到沈阳，名义上担任沈阳军区第一副司令员，实际上是被监控起来。此后，傅崇碧在沈阳、辽源被监禁长达7年之久。夫人黎虹和子女都被专案组赶到了沈阳，改了名，编了号。儿子傅欣也被解除军职勒令回家。就这样，傅崇碧一家被清理出北京，北京户口也没有了。
林彪一伙就此控制了军委很大一部分权力。杨成武、余立金、傅崇碧等人遭到残酷迫害，并在全国范围内株连了一大批人，有的致残、致死，造成严重恶果和影响。在所谓的“杨余傅事件”中，曾经与傅崇碧密切工作过的刘光甫、周树青、邵崇永、冯正午等人，也分别遭到被捕、关押、下放劳动等不公正待遇，蒙受了长达数年之久的不白之冤。
1971年，中央召开华北会议，江青接连在会议上发表两次讲话，说北京军区是山头独一无二的，从聂荣臻、杨成武、郑维山、傅崇碧一套人马，还说傅崇碧的秘书拿着装有手枪的皮包砸我，他砸到我的脊梁骨，直到现在我的腰还很疼痛。江青在大会上竟然撒出了这样的弥天大谎。虽说是弥天大谎，却一时让全国震惊。
“9.13事件”后，一批被打倒的老干部得到解放。1973年的一天，毛泽东在八大军区司令员对调时讲：“杨、余、傅都要翻案，这些人的问题都是林彪搞的，我听了一面之词，所以犯了错误。”1974年秋，周恩来专程到长沙，向毛泽东汇报情况。毛泽东问：“杨成武和余立金都出来了，为什么傅崇碧还没有出来?”后来毛泽东从长沙回到北京，中央政治局开会时，毛泽东发了火，说：“傅崇碧在什么地方?你们说在北京，在北京我要见他。”这样，江青等人才派了飞机匆忙去东北接傅崇碧。
傅崇碧一到北京，叶剑英、聂荣臻老帅派人来看他，并给他打招呼：“只带耳朵不带嘴。”第4天下午，周恩来派人把傅崇碧接到了305医院。周恩来一见到傅崇碧，就紧紧握住他的手，使劲地摇，说：“见到你，我太高兴了!太高兴了!”
就这样，在毛泽东的亲自过问和周恩来的亲切关怀下，傅崇碧被“杨余傅事件”冤案而丧失自由7年之后终于回到北京。1974年9月30日晚，杨成武、余立金、傅崇碧应邀出席建国25周年的国庆招待会。三人被“解放”后第一次重逢，面对熟悉而陌生的人民大会堂，怎能不感触万端—7年前，逮捕他们的决定就是从这里发出的;今天，他们又来这里出席宴会。相见后，他们只能用辛酸苦涩的微妙的笑作见面礼。
1975年4月，中央军委任命傅崇碧为北京军区第一副司令员。北京军区司令员为陈锡联，第一政委纪登奎，第二政委秦基伟。纪登奎、秦基伟和傅崇碧3个人主持日常工作。陈锡联因为在中央军委工作，不常在军区。
不久，江青在京西宾馆接见来京开会的各省市负责人时，通知傅崇碧参加。江青和与会者一一握手。走到傅崇碧跟前时，江青说：“我们是老相识了。你回北京是我和主席说的。”显然，江青是想让傅崇碧说些感谢她的话。但傅崇碧并没有说出这样的话，只是说：“感谢毛主席!感谢党!”江青一听，握着傅崇碧的手一下甩开了，很不高兴地走了。
1977年9月12日，粉碎“四人帮”一年后，中央军委任命傅崇碧为北京军区第一副司令员兼任北京卫戍区司令员。就这样，相隔11年之后，傅崇碧二度出任北京卫戍区司令员。他成为新中国成立后唯一两次担任北京卫戍区司令员的开国将军。
