1949年12月10日，随着蒋介石从成都乘飞机逃亡台湾，“国民政府”也从内地彻底消亡。
孙科穷困潦倒回台湾
孙中山之子孙科虽然辞去了“国民政府”行政院长职务，但他一直是国民党中央执行委员会（1949年7月改为“中央非常委员会”）常务委员。蒋介石不但没有通知在香港的孙科去台湾，还一再阻挠他赴台。1950年3月1日，蒋介石在台北复任“总统”。此后，社会上又风传孙科将赴台湾出任“副总统”。但很快，台湾的报纸就出现了大量攻击孙科的报道，有关方面对他来台更是竭力防范。孙科意欲申请赴美国，但台湾当局又以种种理由不给他发放护照，无奈只得留在香港。直到这年秋天，孙科才得以携夫人陈淑英经印度、希腊赴法国居住。两年后，孙科夫妇迁居美国，和在那里的子女团聚。
孙科在“流亡”美国期间，台湾的蒋介石一直对其不闻不问。国民党驻美外交机构与孙科也无任何往来。偶尔前去探访的，也是孙科在内地时代的故友。1961年，陈诚以台湾“副总统”身份访美，也没有专程前往探访孙科，只给他打了个电话而已。
在美初期，孙科和家人的生活还算过得去。他们夫妇一直和次子孙治强一起生活，由于没有固定收入，只能依靠儿女的小额接济过日子，所以生活越来越清苦。有人解释说，孙科宁愿自己拼斗过生活，也不寻求蒋介石的帮助。当时的一家华文媒体曾报道称，“一幢简陋的平房，没有地毯，没有仆人，凡事自己动手，曾经是叱咤风云的人物，而今却能自甘淡泊。然而他的精神生活却非常富足，他的家中，到处都是书籍。”
