但是自从请叶选宁捎去那几句话之后，耀邦不但久久未得华国锋的回音，而与“中兴伟业，人心为上”，停止批邓、清理冤案、生产狠狠抓的识大局、讲实际的要求正相对立的“两个凡是”，却轮番出台：
1974年邓小平复出，胡耀邦才算结束了干校式生活。第二年8月，他被分配到中国科学院担任党的核心领导小组(即党组)第一副组长，负责整个中科院党的组织领导工作。他立即投入“全面整顿”。他深知建国后这许多年来，知识分子被整苦了!而建设一个好端端的国家，没有大批扬眉吐气的知识分子是不行的。
1952年秋天，正是由于邓小平提议，党中央决定把胡耀邦从川北区党委书记兼川北行政
公署主任调任青年团中央第一书记。那时，他就对团中央宣传口各单位负责人说过：过去几十年的革命只两个字，叫做“解放”;今后的一切也是两个字，叫做“建国”。要建好国，必须渡过两条大河：这两条河不是黄河、长江，也不是金沙江和大渡河，而是“贫困之河”和“愚昧之河”。要渡过这样的两条大河，没有人才辈出的知识分子是不行的。老实说，知识分子也是建国的主力军。
1957年3月，有人说“许多青年只埋头钻研业务，不问政治”，意欲对这些青年批判批判。耀邦闻言，立即向《中国青年报》的同志打招呼：可不能一刀切地对这些青年进行批判。因为国内的阶级矛盾已基本解决，今后长时期的中心任务是同自然界作斗争，这就需要钻研自然科学、钻研业务。耀邦说，可以把这归纳成十二个字，叫做“抬头望政治，埋头钻研业务”，这就合人心、顺趋势了!
耀邦的这一席话，直说得青年报的同志笑了起来。
可是，而后这许多年，耀邦认为知识分子们被整得最苦。他一到了中国科学院，就与中科院核心领导小组的另一位副组长李昌一道，顶着炎炎热浪，走遍各个研究所，与科学家们促膝交谈。1975年10月24日，在中科院“纪念红军长征四十周年大会”上，耀邦对济济一堂的科技人员说：“建国二十六年后的今天，请我们科学院立下新的丰功伟绩的同志上台来，讲讲四个现代化的长征故事——新的长征、新的长征故事。”他还认为，知识分子们的“五子”问题——房子(缺房住)、妻子(两地分居)、孩子(入学入托难)、票子(工资太少)、篮子(忙于刻苦钻研，常常吃不上菜)，一定要解决!于是在“全面整顿”中，他首先领导科学院起草了一份上报党中央和国务院的《关于科技工作的几个问题》的汇报提纲，反映了当时科技战线的真实情况，恢复了1956年周恩来总理《关于知识分子问题的报告》的正确论断。
然而十分可惜：不久涌起了“反击右倾翻案风”的黑潮，耀邦跟着邓小平再次受到了冲击……
1976年10月6日，那四个不可一世的人物去了该去的所在，在家深居简出的胡耀邦又一次心潮澎湃，顿感大解放。他觉得我们这个党又有救了。他想到：为什么经过“文化大革命”的十年折腾，使全党全国付出了无比惨重的代价，摧垮不了所谓的“刘邓司令部”?而不可一世、大有靠山的“四人帮”却可以被一举粉碎呢?
归根结底，他说，还是个“人心向背”的大问题。
