检方查出，事发时荆元武(49岁)担任“空军”马公基地高级值勤官(高勤官)，有权决定马公机场跑道使用方向;与荆通话12分钟的“民航局”高雄近场管制塔台李姓督导，则负责协调高雄、马公飞航及机场管制。另一被告李政峯(37岁)为马公机场管制席，提供空航机气象资料及颁发飞机起降许可。
检方表示，荆元武不熟悉民航机使用02及20跑道降落的最低能见度标准，违反“飞航管理程序”规定，无正当事由却迟不同意复兴客机使用有较佳导航系统的02跑道降落，转而使用20跑道降落，以致发生空难。
正驾驶 李义良
副驾驶 江冠兴
语气消遣一再推托
检方调查，空难前约半小时，李姓督导接获通报指复航班机因天气极不稳定，要求降落02跑道，却遭荆元武拒绝。李姓督导多次转达复航请求，盼军方同意在02跑道降落，荆却一再推托说：“天气是合规定，怎么会没有办法降落呢?”
荆还说：“应该不是天气的关系吧，应该是装备的关系吧!”李姓督导只能不断说：“是是是……跟你报告一下，天上的飞机看的天气比我们在地上观测的，他一定是选择比较安全的地方落地嘛，所以说他会跟我们请求一定是有他的原因。”
就在两人一来一往间，李姓督导报告20跑道又可使用了，荆还消遣：“又可以是不是?”并说：“我自己也飞行嘛，我也飞了快三千小时，我走这个飞行航道，想说与事实不符的时候，我要负这个责任，不是在找麻烦。”
荆还不忘强调：“他提了需要，还是要我决定嘛，决定他要不要正确落地。”当时有四、五十条人命悬在半空中，荆推拖拉的语气令人气结。
涉犯业务过失致死
检方表示，至于担任马公机场塔台管制席的李政峯在班机后来不得已降20跑道时，未通知跑道能见度由1800米降至500米，未达起降标准，影响正副驾驶是否重飞判断，也未提供20跑道视程及辨识跑道环境所需的目测参考，以致失事。
律师李学镛表示，荆元武及李政峯所涉《刑法》业务过失致死罪，最高可处5年徒刑。
“民航局”昨指出，依今年一月飞安会报告，澎湖空难主因是复兴航空机组员未遵照标作业程序，塔台天候资料提供问题仅是风险因素，并非酿祸主因，检察官有其考量，“民航局”会尊重并配合调查。
跟台湾军方沟通须人脉
长荣大学航管系副教授黄泰林表示，澎湖军民合用机场是由台湾军方主导， “民航局”塔台要跟军方协调，未来应有更好沟通管道，避免发生类似悲剧。不愿具名的飞安专家表示，合用机场发生台湾军方刁难民航塔台人员业界都知道，民航机常得动用人脉去跟军方沟通，甚至用求的。不愿具名的机师表示，复航当时若能从02跑道降落，大不了冲出跑道，起码仍可安全降落，台湾军方的刁难很有问题。
马公航空站主任洪建男昨表示，去年“民航局”已在20跑道端增设ILS仪降系统。复航表示，盼相关机关还原事发经过并厘清责任归属，复航虚心接受各界指正。
