19世纪开始，世界性的航海贸易蓬勃兴起，由于新加坡扼守马六甲海峡和南中国海的独特地理位置，新加坡对于英国的战略位置极为重要。史丹佛·莱佛士和继任的新加坡总督将新加坡发展为大英帝国乃至世界上的重要港口。而新加坡又是一个依赖外国航运进口的地域，其海域安全性也显得极为重要。自英国占领新加坡后几位注重新加坡的海防力量，建设了岸防炮台，训练水兵以保证新加坡海域受到英国的绝对控制。[2]
新加坡海军最早是由20世纪30年代英国皇家海军驻扎在新加坡的两艘巡逻艇起家的。1934年4月20日英属海峡领地的皇家海军志愿预备队在马来亚地区成立，1941年新加坡志愿部队从马来人志愿部队中脱离，成为了新加坡海军的人员基础。相对于当时强大日本海军，新加坡武装力量极为薄弱，1941年下半年，英国决定派出威尔士亲王号和反击号战列巡洋舰等6舰进驻新加坡进行协防以保卫新加坡不受到日本的入侵，但在该年12月10日，即被日本航空部队截杀，此后新加坡在受到日本陆军为主海空军为辅的夹攻下投降。
二战之后的1948年，马来亚地区的共产党实力不断壮大继而爆发了马来亚危机。该年新加坡地区的共产党人发动了暴乱随后新加坡进入了戒严状态。1952年英国准予新加坡和马来亚海军部队以“皇家马来亚海军”自称，从而表彰海军部队在马来亚危机中协助政府戒严的表现。
1963年9月16日，新加坡成为马来西亚联邦的一部分，而“皇家马来亚海军”也更名为“马来西亚皇家海军”1963年9月22日。新加坡志愿海军则正式由英国皇家海军转至马来西亚皇家海军，成为新加坡志愿部队(Singapore Volunteer Force，SVF)的一部分。
1965年8月9日，新加坡由马来西亚正式分离而独立，并加入了英联邦。1966年1月22日，新加坡志愿部队海事分队改名为新加坡志愿海军部队。1967年5月5日，新加坡志愿海军部队第一次升起自己的军旗，同年9月，新加坡志愿海军部队改名为人民海上防卫部队，受海上防卫司令部的指挥。1968年，海上防卫司令部改名为海事指挥部(Maritime Command，MC)，即现在新加坡共和国海军部队的前身。此后海事指挥部立志于扩大海军部队的规模以更有效的防卫新加坡海域。
1975年4月1日，海事司令部正式改名位新加坡共和国海军部队，随后新加坡武装部队正式确立海陆空三军分立。
新加坡海军 - 组织机构新加坡共和国海军部队由新加坡海军司令领导(Chief of Navy，CNV)，现任海军司令为戴荣利(Ronnie Tay)海军少将。海军司令负责新加坡海军的全部行动和管理，并且直接向三军总长报告，三军总长通常是一位三星上将。新加坡海军总共分为5个指挥部，分别是后勤指挥部，舰队指挥部，海岸防卫指挥部，蛙人部队指挥部和训练指挥部。
新加坡海军 - 现役舰船潜艇部队
1995年，新加坡海军挑战者级(Challenger class 原名为索罗门级，Sjöormen class)潜艇由瑞典海军交付新加坡并开始服役，1997年全部4艘全部投入服役。挑战者级潜艇是新加坡第一支潜艇部队。该级潜艇由瑞典设计，用于在波罗的海执行任务。为出口新加坡，该级在原有设计上作了大量用于适应热带水域的修改，其中包括安装空调系统，海洋生物保护系统和安装抗侵蚀管路系统等等。
新加坡国防部于2005年11月4日与瑞典Kockums公司签订合同，后者为新加坡海军提供2艘瑞典预备役海军中的Västergötland级潜艇。 潜艇在进行现代化改装和用于适应热带水域的改造之后交付。这两艘潜艇预计将于2010年服役于新加坡海军并替代挑战者级中的两艘。可以预见的是挑战者级和Västergötland级将会在购买更新式的潜艇之前作为新加坡海军的潜艇部队而持续使用，尽管这些潜艇的艇龄已经超过了25岁。4艘潜艇部队被编入171中队。
RSS 挑战者号— 1997年服役
RSS 征服者号— 1999年服役
RSS 百夫长号— 1999年服役
RSS 酋长号— 2001年服役