1954年毛泽东与彭德怀在中南海
彭德怀长期主持中央军委日常工作，在军队有很高的地位与威望，而毛泽东“在匈牙利事件之后，开始担心我军领导出问题”。(《黄克诚回忆录》)1958年军中曾开展反教条主义斗争，使刘伯承、粟裕等一批将领受到错误的批判。虽然主持对刘、粟等人批判的是彭德怀，但这并不意味着毛泽东对彭就没有“担心”。1959年3月，中共中央政治局在上海召开扩大会议，正式决定毛泽东不担任国家主席，由刘少奇接任。彭德怀在会上提出，不再担任下届政府的国防部长，想去搞经济工作。毛泽东听后说了一句：“你现在已经是副总理兼国防部长，你还想要什么!”(《彭德怀全传》四，中国大百科全书出版社2009年版)
新中国成立以后，毛泽东在党和人民中的威望越来越高，尽管毛泽东本人对个人崇拜在一段时间里保持了比较清醒的头脑，但国内的造神运动已经开始萌动，《东方红》的乐曲响彻全国。彭德怀是对国内的个人崇拜认识较早的人。1951年7月1日，彭德怀在朝鲜听到志愿军庆祝建党30周年时唱了《国际歌》和《东方红》，他感到《东方红》歌词中“他是人民大救星”同《国际歌》中“全靠自己救自己”似乎有些抵触，认为改为“他是人民的好领导”，“领导我们向前进”更好一些。但他这一想法没有向他人透露过，只是写进了自己的日记。1956年苏共二十大后，在中南海开会时，他几次提议不要唱《东方红》，不赞成喊“毛主席万岁”。1956年11月1日，彭德怀途经江苏新沂县视察驻军某部，看到墙上《军人誓词》第一条是“我们要在毛主席领导下……”他说：“这个写法有毛病，我们的军队……不能只说在哪一个人领导之下。我们是唯物主义者，毛主席死了谁领导?今后要修改。”1959年1月30日，彭德怀在解放军后勤学院学员毕业大会上讲话说：“躯壳都是要死的，人家说万岁，那是捧的，是个假话。没有哪个人真正活一万岁。”(郑文翰等《秘书日记里的彭老总》，军事科学出版社1998年版)彭德怀的这些话，今天看来难能可贵，可当时个人崇拜已相当严重，他说的这些话未必都能传到毛泽东耳朵里，不过，这起码显示出彭的特立独行，加之“他性格刚烈，遇事不能容忍，不大能适应人类社会的复杂性。水至清则无鱼，人至察则无徒。所以不易和领导及周围同志搞好关系”，因而与毛“相处得不很愉快，多有误会”。(《黄克诚回忆录》)
惨遭蒙冤
1959年7月，在中共中央政治局扩大会议(庐山会议)期间，因写信
彭德怀在文革中惨遭残酷批斗给毛泽东，对1958年“大跃进”开始后“浮夸风”、“小资产阶级狂热性”等问题提出批评，被错误地认为是“向党进攻”和右倾机会主义。8月在中共八届八中全会上，又被错定为“反党集团”的首要人物。9月被免去国防部部长职务，停止一切实际工作。庐山会议原本是为了“纠左”，但会后却在全国展开了“反右倾运动”(反对以彭德怀为首的“右倾机会主义”错误)，上万名党员受到了批判与非人道待遇;其中大部分党员在1962年被平反，恢复了工作;但毛泽东设下了底线：“谁都能平反，唯独彭德怀不能平反。”1962年6月再次给中共中央和毛泽东写信，反驳庐山会议强加给他的不实之词，坚持真理。9月在中共八届十中全会上又被认为是企图“翻案”，再次受到错误批判和审查，并被剥夺了党员的权利。1965年9月，毛泽东约他谈话，表示“也许真理在你那边”。随后，被派往四川成都担任中共中央西南局三线建设委员会第三副主任，仍顾全大局，兢兢业业地工作。
元帅之死1966年，“文化大革命”爆发后，彭德怀又遭到林彪、“四人帮”
彭德怀亲属在追悼大会上合影(1978年)反革命集团的无端诬陷和严重迫害，被红卫兵从成都押回北京，惨遭批斗、关押，他据理斗争，坚贞不屈;由于长期的摧残和折磨，他身患结肠癌，于1974年11月29日14时52分在北京含冤辞世，时年76岁。1974年12月17日，彭德怀的遗体从301医院被秘密送往火葬场火化。为了掩盖事实，这份火化的申请单上写的是：“申请人：王奎，住址：301，与死亡人关系：父子，死亡人姓名：王川，男，76岁，印号○○一二六九○。”1978年11月中共十一届三中全会为他平反昭雪，恢复名誉;同月24日，中共中央在北京人民大会堂为他与陶铸同志同时举行了隆重的追悼大会，邓小平同志亲致悼词。
