二是乌斯满及其追随者的暴乱。大地主乌斯满及其亲信主要活动在新疆东部的山区和牧区，先后在昌吉、奇台、哈密、绥来(今玛纳斯县)、景化(今呼图壁县)，迪化(乌鲁木齐)以及甘肃、新疆、青海三省交界处发动武装暴乱，并裹胁成千上万的牧民跟随其暴乱。
三是穆罕默德·伊敏的分裂势力。穆罕默德·伊敏是南疆“东突厥斯坦伊斯兰共和国”的策划者之一，他长期流亡国外，1946年被国民党政府委派回新疆，出任新疆联合省政府委员兼建设厅厅长。他利用合法身份在南疆和田等地公开宣传和鼓动分裂思想，并组织武装策划了多起叛乱活动。
毛泽东多措并举，力求保存和解成果。在这种复杂的形势下，毛泽东在新疆倾注了大量心血，采取了一些列的措施：一方面他电令起义的陶峙岳和包尔汉要 “维护好民族团结和地方秩序，与人民解放军合作，废除旧制度，实行新制度。”以巩固来之不易的和平成果;一方面邀请新疆地方革命领导人、新疆保卫和平民主同盟主席赛福鼎参加政治协商会议，以争取得到新疆民众最广泛的支持;再就是在新疆新政府成立时，毛泽东制定少数民族当家作主的原则，致电彭德怀：“政府改组，包尔汉仍应为主席。委员应是汉人占少数，维族及其他民族占多数”，并将具体比例定为2比3。
