选定了葬地之后，孙中山的葬事筹备处便开始在南京兴建中山陵，孙中山的遗体暂停北京西山的碧云寺内。而因为风水原因，孙中山的遗体在山洞秘藏百日，差点被焚毁，其经过令人惊心……
孙中山遗体
张作霖士兵拔枪“毙像”
孙中山病逝后，中国政坛又进入大动荡之中。1925年12月，冯玉祥统率的国民军与奉系军阀在关内的势力直隶（今河北省）军务督办李景林之间发生了一场激战，史称“冯奉战争”或“国奉战争”。
“冯奉战争”爆发后，吴佩孚乘机勾结东北军阀张作霖，形成奉直联合对付国民军的不利局面。国民军战事节节受阻，1926年后，整个华北便被奉直军阀割据统治，张作霖进入北京。
张作霖军队入京后，士兵在北京借游山玩水之际，乱抢乱夺搞钱财，常有士兵到西山恣意捣乱。一次奉军士兵到碧云寺闲游，看见灵堂中悬挂着孙中山遗像，便问守灵的卫士，“这是什么人？”卫士回答说是民国首任总统孙中山先生。这个奉军士兵竟然张口大骂：“什么总统”，拔出手枪就想对孙中山遗像开枪，幸好守灵卫士好言相劝，奉军中一些明白事理的士兵也力加制止才作罢，免除了更大的意外。
当时负责守护西山灵堂的副官黄惠龙见此情形，估计到奉军可能会有不利于孙中山遗体的行为，便命令将灵堂铁门关闭，守灵人员都穿着便服守候在碧云寺金刚塔内，暗中护卫监视。
1926年12月9日，奉军第五十团团长带全团士兵来山游逛，见灵堂铁门紧闭，定要守灵人员开看，守灵处主任李荣婉言谢绝，但奉军横蛮要开，只得让他们进去，后来发现少了一些杂物用具，幸好孙中山遗体未动。
接着，1927年3月12日孙中山逝世二周年纪念，西山守灵人员举行纪念典礼。不料第二天竟有本处密探企图邀功，报告警厅，说他们高挂党旗，秘密集会。
警厅得知后，立即派第五分署巡长前来调查。这位巡长了解情况后，据实回报说守灵人员不过是纪念孙中山而已，并非谋反，竟被警察厅革职查处。
停灵柩地方风水好惹祸
此时，南方的国民革命军，气势大盛，封建军阀纷纷落败。
1927年9月18日，奉系军阀张宗昌到北京开会时，竟声称，“孙中山停灵柩地方风水大好，是以南军屡次告捷，不如将遗体毁灭以绝后患。”此即奉军对孙中山遗体下手的“焚尸计划”的由来。
“野史正说”（yeshizhengshuo2015）
张宗昌认为，作为南方革命军的过世领袖，孙中山的魂灵未死，阴间也在“帮助”革命军。此言显然是百分之百的无稽之谈，但东北绿林中出来的张作霖也迷信风水，竟然相信了张宗昌的一番鬼话，立即同意“焚尸计划”。
张作霖似乎一直是孙中山人生的“克星”。其在北京病逝，而这场不治之病发作，便全是让张作霖气出来的（详见本书“陵墓传奇·中山陵”一章），现在又想焚尸，令人发指。
张作霖的军师杨宇霆闻讯后，竭力劝阻，张作霖这才暂时将焚尸计划搁下，但一直没有死心。
张学良“曲线救尸”
不多久，张作霖又想实施“焚尸计划”。他的大儿子、后来“西安事变”主角张学良听说后，觉得十分不妥。如果真的焚毁了孙中山的遗体，将为国人所不容。但他又不能公然违抗父命，张学良只得“曲线救尸”，让遗体先离开北京再说。
张学良听说张作霖真的已打算对孙中山遗体采取行动后，赶紧暗中致电南京政府，请求南方派人到北京将孙中山遗体运回，并表示他可以负责将孙中山遗体护送到天津。但张学良的善意，却没有得到南方的明确答复。
幸好有人从张作霖的卫队长赵锡福那里得到消息，知道张作霖、张宗昌真的要对孙中山遗体采取行动，劝护灵人员赶快把孙中山遗体藏起来。当时，张作霖要焚毁孙中山遗体一事，在北京传得沸沸扬扬，媒体都报道了。
孙中山遗体秘藏山洞百日
西山守灵处主任李荣对此深感不安，他和守灵处全体职员商量，觉得北京处于张作霖统治之下，即使报告南京政府，也无力阻止张作霖的行动。怎么办？转移！
李荣首先想的办法是将遗体送到协和医院保藏。李荣亲自去医院，请医生设法诡称孙中山遗体腐变，须运回医院治理防腐。不料，时院长刘瑞恒不敢负这一重大责任，李荣只得另想办法。
碧云寺附近有一个水泉山洞，李荣决定将孙中山遗体放那里暂时藏一下。
一直到1928年6月7日，西山守灵处人员才将在外藏了100多天的孙中山遗体，从水泉山洞奉移回碧云寺灵堂。
躲过“风水之难”
为了保证尸体不腐，李荣请求协和医院一位潘姓大夫开了药水处方，自己到西药房配制药水，又到中法中学将孙中山原有的美式棺具取回，于1927年11月25日深夜二时半，找来全体守灵人员，秘密行动，将孙中山遗体用药棉裹好移入美式棺内，转藏洞内，孙中山这才躲过了被毁尸的“风水之难”。
接下来国内形势就是一边倒了，国民革命军气势恢宏。1928年4月，蒋介石、冯玉祥、阎锡山、李宗仁分别率四个集团军，向奉军和直鲁军进攻，进行“二次北伐”。阎锡山的军队进入北京后，中国的国内就形势稳定了。
实际上，孙中山遗体“风水之难”的背后是两种势力的斗争。但接下来，张作霖自己却遭焚尸了。1928年6月4日，张作霖由北京败退沈阳途中，在皇姑屯被日本军暗杀炸死，不知道这算不算一种报应！
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