8月1日当晚11时半，国民党即召开了中常会，通过由蒋介石代理国民政府主席职务的决议，以及林森的治丧事宜。
国民政府为林森举行了极为隆重的丧礼。
国民政府通知五院及各部，各省市政府，并昭告国民周知；外交部通知各国驻华使领馆，并转知驻在国政府，并昭告侨胞。8月1日起，所有党政军机关停止娱乐活动一个月。全国各机关下半旗致哀一个月，民间下半旗三天。中央广播电台则反复播放林森在1943年元旦发表的坚持抗战到底演说的广播讲话录音。
大殓的灵堂设在林森的双河桥林园主席官邸。8月2日为公祭日。党政军官员首先进行了公祭。重庆全市停止交通三分钟，民众肃立，鸣礼炮101响。
2日下午4时半，国民党总裁蒋介石亲临林园的灵堂祭奠。此后，各界人士纷纷来到这里进行祭奠……
8月7日上午，公祭林森的典礼分别在重庆的双河桥、市内的新运服务所以及夫子池忠义堂举行。典礼开始后，每隔30秒，即鸣放礼炮一发，直至101响。官方及民间人士络绎不绝地前往吊唁。同时，在重庆以及全国各地都设置灵堂进行了吊唁活动。
1943年11月17日，国民政府以国葬之礼将林森葬于重庆双河街山洞的林园。国民政府为林森修了一座规模不大的水泥陵墓，外形颇似南京国民政府第一任主席谭延闿的陵墓，但没有谭墓那么多的墓道、祭堂、亭台楼阁等建筑。由叶楚伧作墓志铭的铭文，吴敬恒篆额，居正缮写碑文。文曰：……公生平宁静淡泊，勤整廉贞，举措抑扬，不私奸匿，造次颠沛，不离规矩，居常和易，童稚可亲。临大难，持大节，则峥峥岳岳，凛乎如神……林森逝世后，国民党亦称其为“一代完人”、“千秋模范”。
林森逝世后，国民政府发布褒崇令曰：林故主席子超先生，以高龄钜德，任职十有二年，恭已临民，睿谟默运，育成民德，邦本用宁。故能临大事，决大疑，处变而不惊，慎谋而能断。洵足光耀史乘，表率群伦。
其不免有溢美之词，但在国民党党政军界，以林森如此洁身自好，平易近人，不媚权势，恬静淡泊，而且受到各方尊重、口碑颇佳，恐怕真是凤毛麟角了。
中共高度评价
林森逝世时，正值抗战进入艰苦的时期。由于林森力主国共合作，竭力推崇包括中共在内的各党各派组成的国民参政会，一贯坚持“抗战到底”，坚决反对卖国求和；是一位德高望重、清廉持正、与世无争且很得人缘的国家元首，所以不仅国民党内对他很尊重，全国各个阶层、各个党派对林森的逝世也都十分关注。
