八国联军侵入北京，慈禧西逃的这一天，也成了珍妃生命的最后一天。
最初，《清列朝后妃传稿》这样记录：“妃有宠于帝，光绪二十六年各国师入京师，帝西狩，妃仓猝不能从，于宫中殉焉。”
按照这个说法，珍妃是“贞烈殉节”，投井自杀。在慈禧的有生之年，清廷的公开记录一直是这样记载的。甚至在回銮之后，1902年11月，慈禧还下旨：“上年京师之变，仓猝之中珍妃启从不及，即于宫内殉难，洵属节烈可嘉，恩著追赠贵妃位号，以示哀恤。”
光绪三十四年十月二十一日，即1908年11月14日，太阳落山的酉时，光绪皇帝驾崩，终年38岁；十多小时之后，十月二十二日未时，慈禧太后逝世于中南海之仪鸾殿，终年74岁。
24小时之内，皇帝和皇太后相继去世，年仅3岁的溥仪继位，成了中国历史上的末代皇帝。这奇特的历史一幕之后，关于珍妃之死的档案记录也有了变化，由投井自杀，改成了“被崔玉贵投入井中溺死”。
指示做出这个改动的，是溥仪的生父载沣。后人在载沣的传记中记载，载沣亲眼见珍妃死时的情景。
清东陵管委会副主任于善浦上世纪80年代曾发表一篇文章《珍妃与珍妃之印》，补充了这一说法的一些细节——
关于珍妃被杀之事，颇多记述，一般传说由内监总管李莲英奉命执行。动手行凶的是二总管崔玉贵。
当时城外枪炮声隐隐传来，宫中人心惶惶。慈禧太后在忙乱中传话处死珍妃，一时间左右太监面面相觑，不敢前往。只有崔玉贵攘臂而出，口说：“都是怂小子，看我去。”
随后，崔玉贵凶神附体似的进入幽禁珍妃的院落，把珍妃连推带提拥到井口。珍妃跪地求见老佛爷一面，崔厉声说：“没有那些说的。”一脚把珍妃踢入井中，还投下了几块大石头。
