1963年12月，总政治部主任罗荣桓逝世。
1964年9月，萧华任总政治部主任。
1966年6月15日，任命袁子钦为副主任。1966年6月23日，林彪以莫须有的罪名撤了总政治部副主任梁必业的职。
“文化大革命”中，总政治部受到严重破坏。林彪、江青反革命集团出于篡军、反党夺权的阴谋需要，以种种罪名打倒了总政主任萧华和副主任刘志坚、徐立清、傅钟、袁子钦等，1967年6月，刘西元任副主任。同年7月25日，林彪和江青一伙提出“彻底砸烂总政阎王殿”后，总政治部主任、副主任等领导干部都被关押、批斗和审查，总政治部机关陷于瘫痪。11月，军委办事组政工组，取代了总政治部领导。
1968年10月，对总政治部实行军事管制。
1969年10月，开始重新组建总政治部。10月10日，黄志勇、田维新任总政治部副主任。12月，总政治部恢复办公，李德生任总政治部主任。总政治部机构设组织部、干部部、宣传部、保卫部、群工部和办公室，干部人数不到200人，任务是负责公文的承办批转工作，从而大大降低了总政治部的领导地位，削弱了其领导职能，使全军的政治工作受到严重损害。粉碎林彪反革命集团后，1972年7月，与林彪事件有牵连的总政治部副主任黄志勇被隔离审查。
1973年12月22日，中央军委发布8大军区司令员对调的命令，总政治部主任兼北京军区司令员李德生被调任沈阳军区司令员。
1974年1月14日，魏伯亭任总政治部副主任。12月20日，梁必业任副主任。
1975年1月5日，张春桥任总政治部主任，副主任为梁必业、田维新、魏伯亭。同年6～7月，叶剑英、邓小平主持召开军委扩大会议，确定以“军队整顿”、“要准备打仗”作为一个时期的中心工作。根据会议的精神，对总政治部领导班子进行了调整。8月30日，任命徐立清、黄玉昆为总政治部副主任，同时魏伯亭调任成都军区副政委。总政治部的机构作了调整，将宣传部分编为宣传部和文化部，将群众工作部分编为群众工作部和联络部，机关编制人数也有了增加。但由于江青反革命集团的干扰破坏，总政治部的职能和作用仍没有得到恢复。
1976年10月6日，张春桥系江青反革命集团主要成员，中共中央政治局对张春桥实行隔离审查。
1977年8月29日，韦国清任总政治部主任，梁必业、徐立清、傅钟、黄玉昆任副主任。9月21日，增补颜金生为副主任。同年，总政治部增设了中国人民解放军军事法院和军事检察院。
1978年10月5日，增补朱云谦为副主任。中共十一届三中全会以后，总政治部得到了恢复和发展。总政治部根据中央军委的决定调整了机构：设组织部、干部部、宣传部、文化部、保卫部、联络部、群工部、军事检察院、军事法院和办公厅、直政部、管理局。
1980年1月11日，中央军委任命韦国清为总政治部主任，梁必业、甘渭汉、傅钟、黄玉昆、颜金生、朱云谦、史进前、华楠为总政治部副主任。同时徐立清调任成都军区政委。
1982年，总政治部的机构又作了精简，总政领导班子再次进行调整，总政办公厅改为总政办公室。
1982年9月，余秋里任总政治部主任，免去韦国清总政治部主任职务。同年12月任命甘渭汉、黄玉昆、颜金生、朱云谦、华楠为总政治部副主任，免去梁必业、史进前副主任职务。1985年，将总政管理局和直政部合并为直工部，总政办公室改为总政办公厅。3月9日，总政治部领导班子又一次进行调整，余秋里任主任，周克玉、朱云谦，周文元为副主任，免去甘渭汉、颜金生、华楠副主任职务。颜金生后任军委纪律检查委员会副书记。同年10月8日，郭林祥任总政副主任。
1987年11月，中央军委任命杨白冰为总政治部主任，免去余秋里总政治部主任、朱云谦副主任的职务。
1989年11月，任命于永波为副主任。1990年4月，周克玉调任总后勤部政委，任命李继耐为总政副主任，免去郭林祥总政副主任职务。1992年10月，中央军委任命于永波为总政治部主任，免去杨白冰总政治主任，周文元、李继耐副主任职务；王瑞林任副主任。1993年12月，周子玉任副主任。
1995年7月，唐天标任副主任。
1996年11月，袁守芳任副主任。
1998年12月，张树田任副主任。
1999年9月，徐才厚任副主任。
2002年11月，徐才厚任总政治部主任，免去于永波主任职务，免去王瑞林副主任职务。
2004年9月，李继耐任总政治部主任，免去徐才厚总政治部主任职务。
2016年1月10日，中国人民解放军总政治部改革组建成新的中国共产党中央军事委员会政治工作部。