1968年4月，在填写审查对象表时，有人曾经将马明方由“叛徒”改为“叛徒嫌疑”。岂料这一改动，大大惹怒了康生一伙。起先是李作鹏怒气冲冲，把专案组的支部委员们找去大加训斥：“中央定叛徒，你们定嫌疑！政治立场动摇，站到敌人那一边去了！”
接着，吴法宪、李作鹏又把康生请出来给专案组训话。康生对专案组的工作很不满意，严厉指责：“你们的思想有些乱，工作有些慢，力量有些散。本来马明方专案是比较容易进行的专案，因为有大量的材料，有很多敌伪人员都在，案件涉及的人很多。”“你们查了90多个人，他们叛变了，回到党的怀抱后，集体向党隐瞒，这实际是一小撮了。”
康生还诱导大家说：“新疆监狱案子有一个重要特点，马明方、张子意、方志纯等这帮人，捏成一个组织力量，有组织、有计划地向党隐瞒，销毁证据，掩盖他们的叛徒面目，这是不需要费多大劲就能想到的。”
康生在那次训话中，反复突出一个“想”字，要求专案组在“想”字上做文章。他甚至亲自带头示范，充分发挥想象力，无中生有地说：“这些人出来前，就派人和张治中谈判，要出材料作为交换条件。张治中是国民党的代表，这些人不仅集体隐瞒，而且还和张治中一道合伙欺骗我们党，投敌叛变。然后，同国民党一块长期潜伏到我们党内。”
会后，专案组按照康生的指示，马上进行思想和组织整顿，批判专案人员“思想右倾，立场动摇，为阶级敌人翻案”的严重错误。同时，在内部开始清理阶级队伍，专案组副书记吴自臣等，因“立场动摇”被罢官、调离。
接着，专案组竞相发挥想象力，加大深挖“新疆叛徒集团”的力度和进度。他们编造了“马明方等在新疆监狱秘密叛变后，又秘密集体加入国民党和特务组织，还秘密领取了国民党党证和特务证”……甚至连张治中受周恩来嘱托发给监狱难友的零用钱，也被他们荒唐地编造为“领取了特务活动经费”。
马明方等人在审讯中严厉批驳专案组的荒谬，结果他们大打出手，进一步刑讯逼供。一年后，在专案组的残酷折磨下，马明方含冤死去。
周恩来将中央三办递交的复查报告改为平反报告
在炮制“新疆叛徒集团案”的八年中，康生可算是挖空心思，耍尽阴谋诡计。
为了迫害新疆监狱难友，康生曾经指示空军政治部、民航总局和南开大学红卫兵组织联合调查组，并让吴法宪安排飞机，三番五次前往新疆各地查调国民党留下的档案，翻阅当地20世纪40年代的报刊资料，搜集马明方等人“叛变投敌”的线索。
因无中生有，图谋一一落空。康生一无所获后，仍不死心，又责成新疆军区派工兵连，到盛世才当年的公署原址挖地三尺，说地下埋藏有马明方等人叛变的秘密档案。结果耗资巨大，劳民伤财，仅仅挖出几条破枪。
康生的另一个诡计是：动用中统特务郑大纶和叛徒徐梦秋编造伪证，污蔑、迫害马明方等。
郑大纶是国民党中统局高级特务，1943年被派往新疆配合审讯中共人员，担任书记官。徐梦秋过去在中央苏区从事宣传工作，参加过长征，被捕后叛变。因康生说过“很多敌伪人员都在”，于是专案组迅速将这些人弄到秦城监狱，编造假口供，配合他们的审讯行动。
1972年，专案组按照原定计划，在《案犯审查情况和处理意见表》上，填写好马明方的名字，还特地注明“叛徒、内奸问题，死不改悔的走资派，康生同志已圈阅，批准定案”。
当年和父母在一起遭难的子女们，也遭到株连。瞿秋白、杨之华的女儿瞿独伊，被视为同案犯隔离审查；林基路的儿子林海宏，原是空军优秀飞行员，因他本人和母亲都是新疆监狱归来人员，被下放到西藏当汽车驾驶员；陈潭秋的儿子陈楚三，同样因本人和母亲是新疆监狱归来人员，大学毕业后被安排到贵州一水电站当搬运工，整天扛水泥……
1974年，毛泽东对专案工作的问题有所察觉。他指出“各个专案组，已经搞了多少年，再不结案，非要把人搞死不可”。他要求先把关着的人放出来，按不同情况分别结案。这使专案工作有了新的转机。
1974年底，中央三办受权对新疆监狱问题继续复查。从那些被康生、吴法宪扣押的大量国民党档案材料中，发现马明方等人在监狱斗争中十分坚决、顽强，充分表现了共产党人勇敢、高尚的气节，从而否定了“新疆叛徒集团”的存在。
1975年3月，中央三办写了复查结论上报中央。
周恩来是当年新疆监狱问题的经办人和知情人，熟悉历史情况。早在1967年8月中南海的一次小型会议上，当有人向周恩来提出中央农林政治部代主任秦化龙等人在新疆监狱有叛徒问题时，周恩来就明确指出：“这件事我最清楚，是党中央委托我通过张治中将军把他们设法释放送回延安的。”
此时，重病在身的周恩来，看到中央三办递交的复查报告后，心情十分沉痛。如今一切真相终于大白于天下，他感慨万端，提笔将复查报告改为平反报告。两字之差，意义重大。周恩来还将报告压缩为1500字，并嘱咐秘书将张治中致毛泽东的信——《我经历事实的简述》中有关新疆监狱中共人员表现的段落，抄送中央作为平反报告的重要旁证，一并报送毛泽东和中共中央审阅。
张治中在信中写道：“他们（难友）由于在党中央、毛主席教导下，觉悟高，组织好，纪律好，被反动派关在监狱里始终不屈，受之艰苦，历尽煎熬，终于脱离虎口，胜利归来，这是值得敬佩和庆幸的。”
一个月后，遭受残酷迫害八年之久的张子意、秦化龙、吉合、高登榜等人终于走出了监狱，获得了自由。其中，许多人已经被折磨成终身残疾。马明方、杨之华、安志敏、李宗林等24人，则不幸含冤离开人世。
1975年12月16日，康生终于身患绝症死了。当时，“四人帮”尚未垮台，康生仍然拥有中央政治局委员和中央政治局常委、中央委员会副主席的头衔。他死后，骨灰盒被安放在八宝山革命公墓骨灰堂西厅。
随着时间的推移，康生的真实面目和罪行逐渐被揭露，许多历史真相也大白于天下。据查证，仅在“文化大革命”中，被康生以莫须有的罪名，直接点名以及由他批准关押迫害的干部就有839人。康生在专案审查中随心所欲，凭空捏造，任意给一些高级干部加上“叛徒”、“特务”、“走资派”、“里通外国”、“死党”、“帮凶”、“败类”、“坏人”、“反革命”等罪名。他甚
