由于军交运输信息系统具有开放性、互联性和共享性的特点，在信息传输中通常采用固定软件程序，点对点传递来实现数据的传输和读取，网络加密传输速度慢、运行不稳定，很容易受到各种病毒、黑客或恶意软件的入侵，致使信息被破坏、欺骗或窃取。
军交运输高度保密，涉及国家和军队重要行动和核心利益，信息安全至关重要，必须精心构建军交运输信息安全防范体系。要加快成立军交运输信息安全领导机构，与国家和军队信息安全体系相衔接、与军事斗争军交运输准备要求相适应，集中统管军交运输信息安全工作；完善对重大问题的决策程序；制定发展规划和实施计划。各级军代处也要成立相应的领导机构，明确职责分工，统筹协调军交运输信息安全工作。
军交运输部门要紧贴实战、瞄准战场，致力打造一个统一、联合、安全的信息安全数据平台，实现数据高效共享、信息深度融合。信息安全数据平台必须设备先进、功能强大、安全保密，具备高效、快速的数据整合分析功能，能够迅速获取、存储、传输和处理海量数据，实现自主作业、自我决策。要统一规划设计，统一数据标准，规范制定数据建设的法规制度及标准体系；要能够实现系统跨军种、跨部门联合共享，以及军地相关部门融合共享，达到共建共享、全时积累、动态更新的目标；要建立端对端的信息安全防护数据模型，既能有效地堵塞安全数据漏洞，防止信息被破坏和获取，又能挖掘和掌握高价值的数据资源，寻求攻击的数据突破点，攻防兼备，解决传统防护模型功能不强的问题。同时，采取必要措施保护军交系统人员的个人数据安全，防止个人隐私外泄。
随着我国国产自主化的能力水平不断提高，在自主CPU处理器和操作系统等方面取得重大突破，逐步掌握大数据采集挖掘和分析处理核心技术，为提高安全可靠性，信息安全数据平台的软硬设备和技术尽可能使用国产品牌，逐步实现整体替换国外技术。要结合军交运输专业特色，加大投入资金和人才力量，依靠军地研发部门，开发新一代的军交运输数据计算技术和软件工具，以满足军交运输平战时的大数据需求
