《申报》对杨案的报道，不但维护了法制，伸张了正义，而且鼓励了杨乃武亲属反复上京呈控，从而促使朝廷不得不降旨着令刑部重审杨案。
让人意想不到的是，此案引起了慈禧太后的亲自过问。在朝廷重臣的直接干预下，杨乃武和小白菜毕秀姑冤案得以昭雪。杨毕冤案历经三年又四个月，案情曲折，朝野轰动。杨乃武出狱后，已被革去举人，便以养蚕种桑为生，民国3年(1914)患疮疽不治而死，年74岁。毕秀姑出狱后，在南门外石门塘准提庵为尼，法名慧定。民国10年(1930)圆寂，年76岁。
清廷下谕，革去刘锡彤余杭县知县职务，从重发往黑龙江赎罪。杭州知府陈鲁、宁波知府边葆诚、嘉兴知县罗子森、候补知县顾德恒、龚心潼、锡光草率定案，予以革职。侍郎胡瑞澜、巡抚杨昌睿玩忽人命，也予以革职。杨毕一案，朝廷惩治大小官员数十名，可谓是震惊朝野，是晚清因为吏治腐败处理人员最多的一次。
杨毕冤案发生时，大清王朝的社会腐败已相当严重，慈禧太后为严肃法纪，重振朝纲，便借此案惩治贪官污吏。事实上，杨毕冤案能够得以平反，最大原因就在于此。
