杨菊贞二次进京后，由夏同善引荐，遍叩了浙江籍在京官员30余人。
夏同善与大学士翁同龢商量，得到了他的大力支持;夏同善还会同御史王昕亲自上疏，为杨乃武平反。于是，朝廷派了礼部侍郎胡瑞澜为钦差，到浙江勘查此案。浙江巡抚杨昌浚得知胡瑞澜到了杭州，就威逼利诱，说此案已经反复审问多次，无偏无枉，不宜轻易改动，否则引起士林不满，地方官吏今后也难以办事了。同时又推荐宁波知府边葆城、嘉兴知府罗子森会同审理。边葆城是杨昌浚湖南老乡，又是刘锡彤的姻亲，因此在复审时，边葆城动以酷刑，日夜熬审。最后一堂把杨乃武的双腿夹折，对小白菜则十指拶脱，还用铜丝穿入乳头，惨不忍睹，就这样严刑拷打，钦差审结，仍然维持原判。这样一来，原审各级地方官吏如释重负，这批湖南帮的大小官员弹冠相庆，设席宴客，认为从此铁证如山，不会再有反复了。
而在京浙江籍人士对杨案主犯屡翻屡服，杨菊贞两次上京，认为必有曲折隐情。有些举人、生员和杨乃武的好朋友三十余人联名向都察院、刑部提出控告，揭露此案，县、府、按察、督抚、钦宪七审七决，都是严刑逼供，屈打成招，上下包庇，草菅人命，欺罔朝廷，要求提京彻底审讯，昭示天下，以释群疑。在京官员认为这件案子如果真是有冤情不得平反，不仅是杨乃武、小白菜两条人命的问题，而且是有关整个浙江读书人的面子问题。于是，夏同善、张家骧取得刑部侍郎袁保恒、大学士翁同龢等人的支持，向两宫太后陈诉冤情，要求将 杨乃武、小白菜一案提京复审。最终杨乃武、小白菜案得以平反，与慈禧太后的直接干预有极大关系。
当初由大学士翁同龢向两宫面陈案情，就引起了慈禧太后的注意，她没有直接下达谕旨，而是通过刑部叫浙江巡抚杨昌浚亲自审问，但她同时派了御史王昕到浙江私访案情。对于此案是否提京复审，开始慈禧太后是犹豫的，她对地方官吏承办的要案也不愿轻易更改。但后来杨乃武冤狱的呼声越来越高，朝廷内外到处哄传，又加上官员不断上疏奏请提京勘查，慈禧太后终于下了决心：“叫刑部彻底根究。”这样，江浙派官吏初步得到了主动权。
刑部大审，开棺验尸，认定葛品连并非中毒而死。刑部复审勘验情况奏知两宫，这时已将刘锡彤革职拿问。原审各级官员为什么审办不实，要刑部再彻底根究，于是又提集犯证审问了两次。
