从杨乃武、小白菜一方来说，冤案昭雪无疑是莫大的幸事，而事实上他们只是民间的一个小案，在那个时代其实是不足为怪的。可是现在被渲染成爱情故事的案件背后陷藏着重大的政治斗争，难怪杨乃武在出狱后曾想去拜见救他一命的浙省大小官员，很多人并没有出面见他，毕竟参与这场斗争不光是为了一个杨乃武。参与对杨乃武审判的多是湖南籍官员，他们大多是左宗棠一手提拔的，在对渎职官吏的惩办上，朝廷也只采取了革职了事，而并没有量刑处罪，这就表明了这不是一个简单的刑事案件。
在这场无辜的冤案中，杨乃武几乎被折磨成了残废，刑部却说刑伤业已平复，并无伤筋折骨的情况。
经历了三年多的牢狱之灾以及各级官吏的残忍折磨，杨乃武虽死里逃生，家人团聚，但受此打击，人虽未亡而家已破，痛定思痛，实在是悲多欢少啊!从北京回家的路费仍然是胡雪岩资助的。
杨家人回到余杭县后，已是家产荡然，生活困难。杨乃武依靠亲友帮助，赎回了几亩桑地，以养蚕种桑为生。这时他虽然只有36岁，正当年富力壮的有为之年，但经过这场灾难，棱角已被磨尽，心灰意冷，轻易不与外界交往，专心致志研究孵育蚕种。余杭盛产丝棉，行销全国。杨家世代养蚕，对育种有一定经验。过了三年，杨乃武所育蚕种名气就传开了，远近都来购买，他家的蚕种牌记是“风采牡丹，杨乃武记”。凡是杨家出卖的蚕种，都盖上了这个牌记。每到育种时，全家大小日夜忙碌，家里生活也日渐好转。杨乃武就是这样安静地度过了自己的后半生，直到1914年去世，终年74岁。
小白菜出狱后，回到余杭，万念俱灰，在南门外石门塘准提庵出家为尼，法名慧定。庵里没有香火，以养猪、养鸡为生。从此就在青灯古佛旁、晨钟暮鼓中了却残生，于1930年去世。她的墓塔建在余杭东门外的文昌阁旁，为了表白自己的清白和坦然，墓址选在河岸路旁。
杨乃武是举人出身，他家也比较富裕，另外在当时的首都北京那么也有很多浙江级的官员以及 对他们的支持，那么这些原因都是原因，但是如果没有最终最高统治者的支持，由于官官相护，有些案子很难最终平冤昭雪。本案平反昭雪的最后实际上隐藏着深刻的、尖锐的官场权利斗争，这是我们特别要提到的。小小的杨乃武、小白菜这样的案件是普通的，但是在当时围绕着这个案件审理，浙江的一干官员，从县到府到省，全都是曾国藩所统率的湘系军阀的手下，那么也就是说根据当时的历史背景，曾国藩率领自己的湘军打败了太平天国，镇压了太平天国，那么在当时江南一代，各级的官员基本上都是湘系的军阀，他们没有多少的知识，凭着军功担任这样的职务，他们很少受过严格的审判经验的教育，也没有多少知识，因此容易造成很多冤案，而且有了冤案之间都同处湘系，官员之间相互扶持，相互的维护，那么从而使这个案子迟迟难以翻案，那么面对这种情况，实际上对于清朝的最高统治者而言，早就与除之而后快，早就想找到一个契机来弹压湘系军阀的势力，那么杨乃武、小白菜案件的发生给慈禧太后提供了这样一个契机，找到了爱新觉罗满清皇族或者说朝廷吧，压制湘系军阀气焰的契机，那么之所以最后100多位官员顶戴花翎全部摘掉，永不续用，实际上有压制湘系军阀这么一个功能。
