歼灭亚齐分离分子的战斗打响后，将扮演主角的是印尼的特种战部队和特种警察部队。印尼的特种部队在印尼的政治和军事领导扮演非常重要的角色，比如说平息种族暴乱，支持政府和与分离武装分子进行作战。印度尼西亚的特种部队鲜为人知。印尼特种部队包括：警察机动旅(Police Mobile Brigade )，特种战司令部(Special Warfare Command)，印尼国家警察反恐怖特遣队(Satgas Gegania )，印尼空军反恐怖特遣队(Satgas Atbara)和印尼海军特种部队。
印尼空军反恐特遣队(Satgas Atbara)是印尼武装力量的精锐，其成员都是从印尼空军快速反应部队(Paskuan Pemukul Reaksi Cepat or PPRC)中挑出来的。该部的专长是劫机事件的人质营救，也负责空军基地的安全保卫。印尼空军特种部队驻扎在Sukarno-Hatta国际机场。
印尼海军特种战部队(Kesatuan Gurita of the Indonesian Navy)。该部是战斗游泳部队。专门负责印尼海军设施和其它近岸目标的安全保护，比如说对付被劫持的船只或者海上石油平台。该部的队员是从陆战队或者海军两栖侦察部队中挑选出来的，据说接受过有限的人质营救训练。该部成立于1982年，有官兵250人左右。它们以战斗小组的形式编成，每个小组24人。每三个小组有一个指挥官。该部驻扎在印尼的雅加达港。