1963年，林晓玲高中毕业，回国考入哈尔滨军事工程学院导弹系，当时，她俄语极其流利，中国话反而讲不好。叶群不喜欢这个林晓玲，时刻防备她和林彪单独接触，然而，机灵的晓玲有时也瞒着叶群瞅空悄悄接近林彪。一天，她突然拿出一张和母亲张梅的合影照片送给林彪看，引起了叶群的嫉妒，叶群泼妇般地从晓玲手中抢过照片，三下两下撕得粉碎，然而，这位缺少父母之爱，自小独立生活，又久受异国文化教育的孩子，性格极其刚烈，她当即与叶群打起来。从那以后，林晓玲极其憎恨叶群，常常会不顾场合地当着林彪的面咒骂叶群，甚至骂林彪这位父亲。因而，每到学院放寒暑假，林彪办公厅秘书必来电话，希望学院设法安排林晓玲不回家，以免惹林彪生气。院里不知道这是林彪的指示还是叶群让秘书假传圣旨，谁也无法核实，只好执行。系里几位领导在心中很为林晓玲鸣不平。放假孩子们都有家去，惟独她像一只失群的小羊。而且，她对中国生活很有些不习惯，适应力差一些，谁也不好留她在校照顾她，惟一的去处是劝她去西安她母亲家，张梅那时已和徐介藩调往西安工作（1961年，以哈军工装甲兵工程系为基础，在西安扩建装甲兵工程学院，徐介藩任副院长，张梅随夫前往西安工作）。林晓玲后来患了肝炎。为此事，林彪、叶群没来信，总参谋长罗瑞卿来了一封信。信直接写给院导弹系，嘱咐系里照顾林晓玲，每月给补助20元营养费。系里很不高兴，觉得林彪这个当爸爸的太差劲了，女儿患了肝炎，也不关心，当军委副主席工资不少，20元给女儿还拿不出来吗？意见归意见，系里还是给林晓玲 补助20元。
林晓玲是一位好胜心强的姑娘，1966年“文革”爆发，当时还在哈尔滨军事工程学院读书时的她，立马当上了被“中央文革”挂上号的保守派组织哈军工学院“八八团”的头头，与造反派对着干，作为林彪女儿，林晓玲的反文革讲话传遍全国，影响很大，林彪一度苦劝，但性格倔强的林晓玲仍固执己见。叶群和林彪怕为此而受到牵连，曾向学院发出公开声明，与林晓玲脱离父女关系，并宣布林晓玲的一切言论和行为完全由其本人负责。此声明在哈尔滨广为散发，林晓玲的八八团迅即瓦解。但晓玲还是不服，她到处演说，宣传保守观点。中央文革在操纵黑龙江省的运动，他们碍于她是林彪的女儿，就把这一心患告诉了叶群。为免除后患，1966年8月中旬，叶群指示国防科工委的一位负责人坐着吴法宪派的飞机，赴哈尔滨。这名负责人在黑龙江省委第一书记潘复生的陪同下，找到林晓玲说：“你父亲叫你回北京去，我是来接你的。”林晓玲喜出望外，一个小时后她来到机场，匆匆上了飞机。但是这架飞机升空后，就奔向了西北大沙漠中的一个尖端武器试验基地，这个基地就是著名的新疆罗布泊马兰核基地，附近是几百里荒无人烟的戈壁滩。当林晓玲发现自己受了骗后，在那里绝食要回哈军工。为免除后患，叶群派国防科工委的主要负责人亲自出马跑到马兰基地找到林晓玲，说哈尔滨军事工程学院的群众组织说她“一贯反对林副统帅”，要和她“划清界限”。
