1939年后，我东北地区的抗日战争进入最艰苦的阶段。日本关东军为巩固东北这块侵略基地，疯狂增兵，1940年1月，中共吉东省委，北满省委代表召开会议，提出保存实力、逐步收缩的方针，规定抗日联军第二、三路军改编为支队活动。金日成率领的抗日联军一路军第二方面军也分成若干小部队，在1940年春积极进行抗日活动。3月底，一支部队在金日成指挥下进行了著名的红旗河战斗。红旗河战斗是抗日联军第一路军在艰苦斗争时期所取得的一次重大胜利，它沉重地打击了敌人。1940年冬，由周保中和李兆麟等率领抗联部队陆续退到苏联境内，在位于苏联哈巴罗夫斯克和沃罗什诺夫城郊的两片大森林中建立了两个野营。金日成所率第一路军警卫旅约百余人也随后进入苏联。
1942年8月1日，东北抗日联军三路军所辖的各支队共2000余人，改编为苏联远东方面军第八十八独立步兵旅，亦称抗联教导旅，旅长周保中，政治委员李兆麟，参谋长崔石泉。金日成虽然是一营营长，但他具备的军事方面的学识和军事指挥才能，以及组织与上下协调能力，常常能够化解中朝两国将领之间发生的矛盾，金日成的一句口头语是：在战场上，只要能消灭日本鬼子，其他并不重要。金日成在这期间，多次以巧妙的方式，消灭日军的特殊部队和散兵游勇。 1945年8月苏军出兵东北、日本人投降后，根据形势的发展，中共东北委员会进行改组，人员一分为二，朝鲜同志组成朝鲜工作团返回朝鲜，中国同志随苏军返回东北。金日成所率部队与患难与共14年的中国战友分别，跟随苏军返回朝鲜，同行的有后来成为朝鲜人民军高级指挥员的抗联老战士们金策、金一、金光侠、崔贤、吴振宇、朴成哲、林春秋等人。
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1945年10月10日，金日成正式脱离中国G·C·D，建立了朝鲜G·C·D中央委员会，以此完成了建党。1946年2月8日金日成建立临时政府--朝鲜临时人民委员会，金日成任委员长。1948年9月9日，在苏联红军的帮助下，朝鲜赶走了日本侵略者，建立了朝鲜民主主义人民共和国，年仅36岁的金日成出任首相。 东北抗日联军的广大指战员同以金日成为首的朝鲜共产主义者和抗日战士。在共同的抗日斗争中，用鲜血结成了深厚的战斗友谊，谱写了一曲无产阶级国际主义的赞歌。
