同一天，中共中央向全国转发了这一文件，并要求全国大中学校坚决贯彻执行。这个《紧急指示》发布后，军队院校和某些机关中的一些造反派到处“踢开党委闹革命”，乱冲乱闯，军队受到了很大冲击。
1967年元旦一过，从上海开始向全国各地卷起的“一月风暴”猛烈地冲击着人民解放军的机关和部队。1月4日，总政治部副主任、全军文革小组组长刘志坚被打倒。
这时，军队院校和文艺单位造反派代表来到北京，要在1月5日召开把矛头指向叶剑英、陈毅的“批判资产阶级反动路线”大会，后被周恩来三次说服制止，造反派答应会议延期。军队在京院校造反派和清华大学等院校红卫兵组成“彻底打倒贺龙反党篡军集团联络委员会”，拟于7日召开批斗大会，并要把贺龙揪出来示众，也被周恩来制止。
1月11日，毛泽东出席了由林彪主持的中央政治局会议。徐向前、叶剑英、朱德先后发言。他们对军队内部这种状况忧心忡忡，在发言中一致强调要绝对维护军队的稳定。
对于元帅们的担心和抱怨，毛泽东没有多说什么，他认为乱还是正常现象。在“文革”前夕，毛泽东与汪东兴谈话时就说过：“我们军队里也不那么纯，军队里也有派嘛……不知你们信不信？你们不信我信。我们军队几十年经常有人闹乱子。”可见，毛泽东对军队领导权和内部状况是不满意的。他希望“文革”之火也能烧一烧那些有问题的干部。他后来说过：“对于那些有问题的老干部，我的目的是想烧一烧官僚主义，但不要烧煳了。”军队高级干部当然也在此列。
但毛泽东的本意不是要打倒所有的干部，被打倒的也不希望触及皮肉，而是要“触及灵魂”。在谈到外面有很多有关贺龙的大字报时，毛泽东说，政治局不要公开点贺龙的名，政治局的同志和常委同志不要在公开的场合点他的名，只是要他去登门听取大家的批评，不公开。不要让红卫兵去揪他。但后来毛泽东认为贺龙的问题性质变了，就不再保了。
毛泽东同意改组全军文化革命小组。由徐向前任组长，萧华、杨成武、王新亭、徐立清、关锋、谢镗忠、李曼村等任副组长（3月30日又增补谢富治），江青任小组顾问，组员有叶群、王宏坤等10人。新的全军文化革命小组由中央军委和中央文化革命小组直接领导，不再隶属于总政治部。江青、叶群等凭借自己攫取的干预军队“文化大革命”的权力，在全国煽风点火，刮起了一股反军乱军风。北京、沈阳、昆明、福州、广州、南京、兰州、成都、新疆等军区和各总部、各军兵种的许多负责人遭到揪斗，被逼得东躲西藏。告急的电报、电话纷至沓来，要求叶剑英给以保护。有些无路可走的，直接找到叶剑英住地求救。
