他积极参加了迫害、诬陷贺龙元帅的活动，并在贺龙被迫害致死后，又下令用飞机将贺龙夫人送到贵州偏远地区一个农场关押。
1968年4月起，吴法宪同陈伯达、谢富治一道，利用所谓“中共中央非常委员会”传单案，以追后台为名，阴谋陷害党和国家领导人，把矛头指向邓小平。
1968年11月，吴法宪在空军驻京部队干部大会上讲话，对朱德元帅肆意攻击、谩骂，诬蔑朱德“一贯地天天反对毛主席”，说“朱委员长是个军阀，几十年没改造好”。
吴法宪还参加了“陆定一专案组”，根据罗织的罪状，诬陷中宣部长陆定一为“军统特务”、“叛徒”，并下令将陆定一逮捕。
吴法宪还对空军的大批干部群众进行打击迫害。1980年12月，他在特别法庭上供认：“打倒一批干部，征服一批干部。叶群给我讲，把反对你的干部都打下去。林彪也说，你不把他打下去，你这个空军司令就当不稳。因此，我就昧着良心诬陷张廷发等一大批干部。”
在吴法宪批准的空军司令部1969年3月上报的一份名单中，被定为敌我矛盾的就有64人，其中包括空军副司令员成钧、刘震、张廷发，副参谋长何廷一等高级干部。吴法宪还直接指使了对南京军区空军参谋长顾前和空军学院副教育长刘善本的诬陷迫害，并亲自批准对二人进行批斗和关押。在关押期间，采用各种手段残酷折磨，致使顾、刘二人被迫害至死。
林彪欲借“文化大革命”之机排斥异己，但其倒行逆施，在军队内部引起诸多不满，为进一步强化对军队的控制，清除不合作的人，1968年3月，林彪勾结江青制造了“杨（成武）、余（立金）、傅（崇碧）”事件。吴法宪也参与了这个阴谋。继罗瑞卿之后担任总参谋长的杨成武，由于对军队中的老帅采取保护态度，因此林彪早就有意排除杨成武。
“杨、余、傅”中的余立金是空军政委，本是吴法宪的工作搭档，但余立金过去是红二方面军的干部，对审查贺龙有不同看法，并曾和杨成武一道陪同毛主席视察南方，但未向林彪、叶群通报情况。在其他一些事情上，也没有秉承林彪旨意办事，遂为林彪所不容。吴法宪奉林彪、叶群旨意，先从余立金左右下手，寻找借口逮捕余立金的秘书。杨成武得知此事后，责成吴法宪进行查处。吴法宪非但不执行，反而向林彪告状，诬陷杨、余勾结要夺空军的权。林彪即以此为借口，与江青合谋制造了“杨、余、傅事件”。
