1935年9月，在红四方面军的一次大会上，总政委陈昌浩特意表扬了何畏军长的红9军，这让余天云非常不爽(余已于1935年7月任红四方面军31军军长——编者注)，联想到红四方面军主力南下后，政令与此前不相一致，部队更加难带，余不免牢骚满腹，情不能已，便破口大骂。在座的张国焘本能地警觉起来，以为这是余天云反对自己南下，于是借着总指挥徐向前此前在清江渡会议上批评余天云随意打死号兵和挑夫等事，当场宣布撤销余天云军长一职。不久，又将他调赴红军大学“学习”。当然，为了安抚他，又给了他一个高级指挥科科长的职务。
红四方面军的红军学校，学员多为部队中的营团级军官，由原红四方面军参谋长倪志亮担任校长(但未到职)，原红9军军长何畏任政委(后为校长)，原红军总参谋长刘伯承这时也因反对张国焘另立中央而被贬来任总教官。作为学员的余天云本来就一肚子气，加之何畏和自己同样是个军长，两人关系本就不好，此时却要受他的领导，余便表现出强烈的抵触情绪，时不时地发脾气。有一次，余天云受了何畏的批评，气愤之余，当晚就把自己手下的几个亲信(师长、团长)叫来喝酒发泄，几个人凑在一起，越说越气。余仗着酒劲，嚷着要打何畏，何畏竟吓得四处躲藏，狼狈之极。
这倒罢了，余天云还在学校不寻常地摆谱。按照当时红四方面军的规定，在作战行动中，师级干部可以配备炊事员、饲养员、勤务兵各一人，警卫员两人，随带牲口两匹;军级干部，则在此基础上可多加一匹牲口，多一名警卫员、一名文书。余天云此时在“红大”的高级指挥科，说起来只有30来个学员，实际人数却多达100多人，宿营时往往要一个村子才能安顿下来，原因就是余天云仍旧显摆他军长的架子，除了带着军长原来配备的人马外，还随身带着一个机枪排作为卫队。当他去听课时，这支卫队就在临时教室旁放哨警戒，可谓霸气十足。余天云本来就看不起知识分子，上课时常拿教员出气，特别对来自红一方面军的教员(如郭天民、彭绍辉等)，他故意找碴，不给好脸色。据赖光勋(少将，曾任新疆军区副司令员)回忆：刘伯承上任校长时带他去红军大学当测绘教员，有一次，他正在高级系上课不久，余不耐烦地喊道：“上课的内容不少了，今天的课就讲到这里，大家去休息吧。”说完，带头扬长而去。郭天民(上将)也回忆说：有一天，他去授课，余挑衅地问道：“郭教员，你今天讲什么内容?”郭天民说：“防空。”余不屑地说：“这个不用你废话，我们都认识飞机，不过如此而已。我们红四方面军官兵不像你们红一方面军怕死(意指红四方面军不需防空而能直接作战)!”郭天民闻之，只好拂袖而去。
“红大”有这样一个“刺儿头”，搅乱了正常的教学秩序，然而余天云偏偏碰上了一位不憷他的“独眼龙”校长。众所周知，刘伯承是非常严谨也非常有原则性的，当然，众人所以服他，还在于他是红军中罕有的具有丰富军事理论与实战经验的指挥员和领导人。不久，刘伯承和余天云的正面冲突发生了。当时彭绍辉(上将，曾任中国人民解放军副总参谋长)上课，而彭也是一、四两个方面军会合时被派到红30军任军参谋长的，当时余已调至红31军去了，此时作为学员的余天云借故发难，竟在课堂上冷嘲热讽说：“一个被撤了职的破参谋长，有什么资格在这里说三道四，什么劳什子的军事理论，打胜仗就是硬道理，老子不学习照样打胜仗!”别人畏惧他三分，不做声，他却更加横了起来，让一帮子警卫人员呼啦啦地冲进课堂，最终惊动了刘伯承。刘前来出面制止，而余不识相，又说了许多夹枪带棒的话。这下刘伯承真的生气了，他大喝一声，当场让人下了余天云及其警卫员的枪。
关于余天云大闹“红大”，张国焘在《我的回忆》中写道：在红军学校，刘伯承是总教官，在教学中的核心理念是正规战术思想，于是“终于与游击观念发生冲突……这种争执发展成为违反学校纪律的事件，校长何畏是他(余天云)的老上司，出面制止，他仍表示不服，因此被判处短期禁闭”。
