跨越了传统这道坎，新的问题又来了。伍连德发现，这一次发生的鼠疫与以往所知并不一致。当时医学界认为，鼠疫是经跳蚤由鼠传染人，人际之间并不传播。在对当地情况了解之后却发现，这里存在着室内一人染病很快感染全家的情况，而且医生们并没有从老鼠身上提取到鼠疫杆菌。
基于这种情况，伍连德大胆提出，在傅家甸流行的鼠疫无需通过动物媒介，通过呼吸之间的飞沫就可以传染。伍连德将此病命名为“肺鼠疫”，并要求医护人员戴口罩避免传染。然而，伍连德的这个新理论，在学界内部几乎无人相信。
法国医生梅斯尼的出现是伍连德的危机，也是他的转机。这位自愿前往东北的资深医生，在控制传染病方面有着无与伦比的权威。他完全不相信伍连德的说法，在没有戴口罩的情况下去医院诊断患病者，六天后不幸去世。梅斯尼个人的不幸，却意外地给伍连德带来了转机。震惊的哈尔滨自此完全信任了这个年轻的医生，伍连德也由此开始了对整座危城疫情的掌控。
一个人的力挽狂澜
当时，疫情原本无药可医，切断人与人之间传染的链条是惟一可控的途径。伍连德想尽了一切办法，让传染的速度降了下来。
首先，在伍连德的指挥下，傅家甸被分为4个区，每个区的居民佩戴不同的证章，只可以在本区内活动。每天各区派人挨家挨户检查疫情，一旦发现有人感染，则立即送防疫医院，并对他们的房子用生硫磺和石炭酸消毒。诊病院分为疫症院、轻病院、疑似病院和防疫施医处几种，特别是对出现咳嗽等症状的疑似者，医生每日诊察，如果连续7天体温正常，即解除隔离，这种方法直到今天还在被沿用。
其次，阻止疫情传染到更大范围。伍连德选择了与上级交涉，暂停铁路运行。1911年1月21日，清政府下命令“将京津火车一律停止，免致蔓延”，关内外的铁路交通完全断绝。
一切似乎都平静了下来，然而隐患却依旧存在。伍连德发现，由于天气寒冷，尸体无法深埋，也就是说，腐尸极有可能成为新的传染源。于是，伍连德做出了一个大胆的决定——集中火葬!
